出口國家重點保護野生動物及其產品，依照本條例關於瀕危野生動物及其產品出口的規定辦理。國務院林業、農業(漁業)主管部門(以下簡稱國務院野生動物主管部門)按照職責分工負責瀕危野生動物及其產品的進出口管理，並做好實施公約的相關工作。
國務院其他有關部門依照有關法律、行政法規的規定，在各自的職責範圍內負責有關工作。公約禁止進口或者出口的瀕危野生動植物及其產品，以商業貿易為目的，因科學研究、馴養繁殖、人工栽培、文化交流等特殊情況需要進口或者出口的，應當經國務院野生動物主管部門批準；按照有關規定由國務院批準的，應當報國務院批準。
禁止出口未命名的或者新發現的有重要價值的野生動植物及其產品，以及國務院或者國務院野生動物主管部門禁止出口的瀕危野生動植物及其產品。申請人取得國務院野生動物主管部門的進出口批準文件後，應當在批準文件規定的有效期內，向國家瀕危物種進出口管理部門申請簽發進出口許可證。
申請簽發進出口許可證時，應當提交下列材料:《進出口許可證申請表》;進出口批準文件；進出口合同。公約限制進口瀕危野生動植物及其產品的，申請人還應當提交出口國(地區)瀕危物種進出口管理機構出具的出口許可證明材料；出口公約禁止以商業貿易為目的進出口瀕危野生動植物及其產品的，申請人還應當提交進口國(地區)瀕危物種進出口管理部門出具的證明材料；進口瀕危野生動植物及其產品復出口時，申請人還應當提交進口貨物報關單和海關簽註的進口準許證。國家瀕危物種進出口管理局應當自收到申請之日起20個工作日內作出審查決定。申請材料齊全，符合本條例和公約要求的，應當簽發進出口許可證件；不予簽發進出口許可證的，應當書面通知申請人和國務院野生動物主管部門，並說明理由。20個工作日內不能作出決定的，經本機構負責人批準，可以延長10個工作日，並告知申請人延長期限和理由。
國家瀕危物種進出口管理局在審批申請材料時，應當在五個工作日內將需要補正的全部內容告知申請人。進口或者出口瀕危野生動植物及其產品的，應當向海關提交允許進出口證明書，接受海關監管，並自海關放行之日起30日內將海關查驗的允許進出口證明書復印件報送國家瀕危物種進出口管理局備案。
過境、轉運和聯運的瀕危野生動植物及其產品，由海關從進出境地監管。
進出保稅區、出口加工區等海關特殊監管區域和保稅場所的瀕危野生動植物及其產品，應當接受海關監管，並按照海關總署和國家瀕危物種進出口管理局的規定辦理進出口手續。
進出口瀕危野生動植物及其產品的，應當憑允許進出口證明書向出入境檢驗檢疫機構報檢，接受檢驗檢疫。以其他方式非法進出口或者走私瀕危野生動植物及其產品的，由海關依照海關法的有關規定處罰；情節嚴重構成犯罪的，依法追究刑事責任。
沒收的物品交由野生動物主管部門依法處理；依法需要檢疫的沒收物品，應當經檢疫合格後處理。需要返還原出口國(地區)的沒收實物，由野生動物主管部門移交國家瀕危物種進出口管理局，按照公約規定辦理。本條例自2006年9月6日起施行。