因種子質量問題或者種子標簽、說明書標註的內容不真實給種子使用者造成損失的，種子使用者可以向銷售種子的經營者、種子生產者或者其他經營者要求賠償。
農民種子糾紛按以下方式處理:
1，協商解決，即雙方通過友好協商解決爭議；
2.協調解決，即政府及其相關職能部門，如農業、林業行政主管部門或人民調解委員會作為第三方主持正義，在各方資源的基礎上，依法協商解決糾紛；
3.仲裁機構仲裁，即根據爭議發生前當事人事先達成的書面仲裁協議或者爭議發生後當事人達成的書面仲裁協議，將種子爭議依法提交仲裁機構仲裁，從而解決爭議；
4.直接向人民法院提起民事訴訟。當事人沒有書面仲裁協議或者雖有仲裁協議，但雙方都不願意提交仲裁機構仲裁的，可以在法定時效期間內向人民法院提起民事訴訟，由法院依法調整或者作出判決。
綜上所述，直接向農民銷售種子的種子經營者應當先行賠償。賠償後，屬於種子生產者或者其他經營者責任的，經營者有權向生產者或者其他經營者追償。種子代理商也是種子經營者，如果他銷售的種子有質量問題，應該先賠償。賠償後，屬於種子生產者或者其他種子經營者責任的，有權向種子生產者或者其他種子經營者追償。
法律依據:
《中華人民共和國種子法》第四十五條
因種子質量問題或者種子標簽、說明書標註的內容不真實給種子使用者造成損失的，種子使用者可以向銷售種子的經營者、種子生產者或者其他經營者要求賠償。賠償金額包括購買價格、可獲得利益的損失和其他損失。屬於種子生產者或者其他經營者責任的，銷售種子的經營者賠償後，有權向種子生產者或者其他經營者追償；屬於銷售種子的經營者責任的，種子生產者或者其他經營者賠償後，有權向銷售種子的經營者追償。