1.與直接侵權人協商停止侵權行為；
2.找當地村委會和派出所調解；
3、收集侵權證據，然後去法院起訴，要求停止侵權，排除障礙。
農村自留地被他人占用後，可以采取以下措施:壹是與直接侵權人協商，要求其停止侵權行為。如果協商不成，可以尋求當地村委會或派出所的幫助進行調解。如果調解仍不能解決問題，可以收集侵權證據，向法院提起訴訟，要求停止侵權，排除妨礙。
需要註意的是，土地占用是有時效的。訴訟時效期間為3年，自債權人知道或者應當知道權利受到損害而債務人知道之日起計算。此外，在土地所有權和使用權爭議解決之前，任何壹方不得改變土地使用現狀。
關於占用土地的補償標準，根據不同的土地類型和年產值的差異，補償標準也是不同的。如征用耕地、菜地時，按征地前三年平均年產值的六倍計算；征用魚塘、荷塘、農場、果園、竹園、林地等土地時，按該土地年產值的五倍計算。征用耕地和基本農田也有相應的補償標準。
起訴程序:
1.原告向人民法院提交起訴狀、副本及相關證據；
2、人民法院受理原告提交的文件、材料，進行審查，符合條件的予以立案；
3.法院向被告送達了原告的起訴書副本；
4.被告提出了書面答辯；
5.聽力；
6.法院做出了判決。
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法律依據
《中華人民共和國土地管理法》第十四條規定:土地所有權和使用權的爭議，由當事人協商解決；協商不成的，由人民政府處理。
單位之間的爭議，由縣級以上人民政府處理；個人之間或者個人與單位之間的爭議，由鄉級或者縣級以上人民政府處理。
當事人對有關人民政府的決定不服的，可以自收到決定通知之日起30日內向人民法院提起訴訟。
在土地所有權和使用權爭議解決之前，任何壹方不得改變土地使用現狀。