具體來說，根據《中華人民共和國勞動法》第四十四條規定，勞動者因遲到、早退、曠工等原因未按規定工作時間工作的，用人單位可以扣除其工資。，但扣除的金額不得超過員工當月工資的20%。也就是說，如果員工月工資5000元，用人單位只能從員工工資中扣除1000元用於遲到等原因。
此外，雇主在扣除雇員工資時應註意以下幾點:
1.克扣工資必須有法律依據。用人單位需要在勞動合同、規章制度等文件中明確規定克扣工資的具體標準和數額，否則克扣工資可能被認為違法。
2.扣工資必須提前告知員工。用人單位在扣除員工工資前，必須提前告知員工，內容應包括扣除的原因、標準和金額。
3.克扣工資必須征得員工同意。如果員工不同意扣工資，用人單位也不能強制扣，否則可能被認為違法。
綜上所述，用人單位可以依據勞動合同、規章制度對員工遲到進行處罰，但扣發工資不得超過員工月工資的20%。同時，用人單位在克扣員工工資時，必須有法律依據，事先告知員工並征得員工同意。
法律依據:
《中華人民共和國勞動法》第五十條* * *工資應當以貨幣形式按月支付給勞動者本人。不得克扣或者無故拖欠勞動者的工資。
《中華人民共和國勞動法》第九十壹條* * *用人單位有下列情形之壹，侵害勞動者合法權益的，由勞動行政部門責令向勞動者支付工資和經濟補償，也可以責令支付賠償金:
(壹)克扣或者無故拖欠勞動者工資的；
(二)拒不支付勞動者延長工作時間工資的；
(三)低於當地最低工資標準支付勞動者工資的；
(四)解除勞動合同後，未依照本法規定給予勞動者經濟補償的。