臺灣公證涉及的當事人多為臺灣省同胞或臺灣省同胞的親屬，以及來大陸投資、經商的臺灣省企業。在法律適用問題上，應當適用中華人民共和國法律，還應當考慮臺灣省的特點和歷史情況、臺灣省地方性法規的規定等特殊因素。辦理涉臺公證的公證處由省、自治區、直轄市司法廳(局)公證管理部門指定。臺灣省當事人提供的臺灣省的意思表示、事實和相關證明材料，應當經臺灣省公證機關公證。臺灣同胞回大陸申請公證，由其原籍或者臨時居住地或者不動產所在地指定的公證處辦理。
根據海協會與SEF簽署的《公證書使用驗證協議》及其後達成的補充協議，以下種類的公證書通過中國公證協會、省級公證協會和SEF互發:
1.根據案件需要出具的親屬關系公證書、繼承委托公證書和出生、死亡、婚姻準備公證書；
2、收養、結婚、出生、死亡、受教育、委托書公證；
3、申請大陸居民來臺灣省定居，或臺灣省居民來大陸定居的，如親屬關系、婚姻關系、出生證明；
4、用於減免所得稅和辦理贍養、親屬關系公證的證明，包括親屬關系、賺錢能力、殘疾情況、成年在學情況、繳納保險或醫療費用的公證證明；
5.財產權公證書是指公民、法人或者其他組織享有的財產權的公證書，包括財產權、債權、繼承權等有形財產權，專利著作權、商標等無形財產權，以及企業的資質、資信、法定代表人、授權委托書和生產許可證，生產企業的合格證明和產品檢驗報告。
6、病歷、稅收、經驗、專業證書等。
壹般臺灣省制作的公證書到大陸大約需要1個月。