扣押文件可以通過以下途徑保護權利:
1.扣押證件有問題的，勞動者應當向勞動行政部門投訴，勞動行政部門應當責令其限期歸還；
2、不屬於勞動仲裁委員會和人民法院的管轄範圍，就不能提出勞動仲裁申請和向人民法院提起訴訟。
在招聘階段，用人單位需要通過居民身份證核實勞動者的身份，通過相應的技能證書核實勞動者的相關資質和技能。核實後，雇主應歸還這些證書。有的用人單位由於資質等原因需要使用勞動者證件，或者由單位出資為勞動者取得了相關證件，解除勞動合同時也不會返還證件，但這些證件是屬於勞動者的。如單位已投入培訓，可簽訂培訓服務期協議等。，但不能扣留相關證件。
法律依據:
中華人民共和國勞動合同法
第九條
用人單位不得扣押勞動者證件，要求提供擔保。
用人單位招用勞動者時，不得扣押勞動者的居民身份證等證件，不得要求勞動者提供擔保或者以其他名義向其收取財物。
第八十四條
扣押工人身份和其他文件的法律責任
用人單位違反本法規定，扣押勞動者居民身份證等證件的，由勞動行政部門責令限期退還勞動者，並依照有關法律、法規予以處罰。
用人單位違反本法規定，以擔保或者其他名義向勞動者收取財物的，由勞動行政部門責令限期退還勞動者，並處以每人五百元以上二千元以下的罰款；給勞動者造成損害的，應當承擔賠償責任。
勞動者依法解除或者終止勞動合同，用人單位扣押勞動者檔案或者其他物品的，依照前款的規定處罰。
勞動保障監察條例
第十壹條
勞動保障行政部門對下列事項實施勞動保障監察:
(壹)用人單位的內部勞動保障規章制度；
(二)用人單位與勞動者訂立勞動合同的情況；
(三)用人單位遵守禁止使用童工規定的情況；
(四)用人單位遵守女職工和未成年工特殊勞動保護規定的情況；
(五)用人單位遵守工作時間和休息休假規定的情況；
(六)用人單位支付勞動者工資和執行最低工資標準的情況；
(七)用人單位參加各項社會保險和繳納社會保險費的情況；
(八)職業介紹機構、職業技能培訓機構和職業技能鑒定機構遵守國家有關職業介紹、職業技能培訓和職業技能鑒定的規定；
(九)法律法規規定的其他勞動保障監察事項。