各類農業經營主體“小、散、亂”現象比較普遍，綜合能力弱，生產主體組織化、規模化程度低。由於生產經營分散，產品相對單壹，總量小，生產主體與市場聯系不夠，阻礙了品牌建設和產業融合發展的進程。
各類主體之間沒有強有力的聯盟與合作，難以形成品牌效應，導致農業綜合效益低下。
2、缺乏高素質的農業勞動力，難以滿足現代農業的需要。
中國農業勞動力的文化教育水平普遍較低。受過高等教育、正值壯年的農村“精英”大多失業，留下的是從事農業消費、素質較低的婦女和老人。由於缺乏文化知識，承受新事物、學習新技術的能力受到阻礙，“賤糧傷農”現象頻發。
由於缺乏科技知識，也難以推廣應用壹些高科技成果，難以完成消費過程的機械化和消費技術的科學化。低素質低技能農業勞動力過剩，高素質高技能勞動力短缺，農業向高端提升遭遇勞動技能障礙。
3.農業產業化程度差，現代農業基礎難以加強。
總體上看，我國正處於傳統農業向現代農業的過渡階段，工業化進程緩慢，仍未跳出小規模、低層次、傳統粗放的消費模式，農業機械化程度低，消費效率低。細分土地的小規模經營和兼職耕作模式導致專業化和標準化水平低，農產品產量低，質量差。
無法滿足粗放型農產品加工業對規劃種植養殖基地的需求。許多加工企業不得不從許多分散的小農戶手中購買農產品，這大大增加了采購成本。
4、農產品質量不高，難以保證現代農業的發展。
中國正處於工業化和城市化的加速階段，這是壹個能源資源消耗和汙染排放強度高的時期。扭曲的市場機制開啟了畸形的工業增長。隨著工業和城市用水量的迅速增加，與農業用水的矛盾越來越難以調和。由於缺乏嚴格的維護和管理措施，水汙染導致水資源質量進壹步下降。
在這些因素的影響下，中國的水資源供應日益匱乏。工業汙染導致許多農產品的原料質量低下，不能滿足加工業對農產品質量和數量的要求，壹些農業消費者受利益驅使濫用化肥和農藥，導致農產品的安全問題、加工產品的出口和國內市場的銷售，進而影響現代農業的發展進程。
5.綜合服務體系不夠完善，無法促進現代農業的發展。
農業社會化服務體系是為農業消費提供產前、產中、產後綜合服務的專業組織。服務內容涵蓋銷售、信息、科技、物資、加工、勞務、財務、經營決策、政策法律服務等諸多方面。在我國很多地區，各類行業協會和專業合作組織發展不平衡，總體範圍小，服務方式單壹。