1.由國務院決定。國務院認為適用地方性法規的，適用地方性法規的有關規定；
2.但是，國務院認為應當適用部門規章的，應當提請全國人民代表大會常務委員會裁定。
部門規章和地方性法規哪個更有效:我國的法律層級壹般有四個層次:法律(包括憲法)、條例、行政法規(包括司法解釋)、地方性法規和規章；部門規章與地方性法規有爭議的，應當報國務院審查。
我國的法律層級壹般有四個層次:法律(包括憲法)、法規、行政規章(包括司法解釋)、地方性法規和規章；立法法第七十八條憲法具有最高的法律效力，壹切法律、行政法規、地方性法規、自治條例和單行條例、規章都不得同憲法相抵觸。
法律的效力高於行政法規、地方性法規和規章。
地方性法規的效力高於本級和下級地方政府，省、自治區人民政府制定的規章的效力高於本行政區域內較大的市的人民政府制定的規章的效力。
法律、行政法規、地方性法規、規章和其他規範性文件都是有效的，但它們之間存在不同程度的效力。目前，中國已經制定了240多部法律和有關法律問題的決定。
法律的效力高於行政法規、地方性法規和規章。在由憲法、法律、行政法規、地方性法規、自治條例和單行條例組成的法律體系中，憲法是根本法，具有最高法律效力。
部門規章、部門規章和地方政府規章具有同等效力，應當在各自權限內實施。
法律依據:
立法法
第七十八條憲法具有最高的法律效力，任何法律、行政法規、地方性法規、自治條例、單行條例和規章都不得同憲法相抵觸。法律的效力高於行政法規、地方性法規和規章。地方性法規的效力高於本級和下級地方政府，省、自治區人民政府制定的規章的效力高於本行政區域內較大的市的人民政府制定的規章的效力。