(1)飲用水水源保護區的劃定方法和依據不統壹。
地下水和飲用水水源保護區的劃分和建設是依法管理水源的基礎。因此，科學合理地劃定飲用水水源保護區的範圍和界限，是飲用水水源合理管理和保護的核心(王金生等，2013)。而我國各法律法規對地下水飲用水源的劃分規定不統壹，導致各地對飲用水源保護區的劃分缺乏統壹的方法依據。環境保護部發布的《飲用水水源保護區劃分技術規範》(HJ/T 338—2007)對飲用水水源保護區的劃分方法做了統壹規定，但僅作為行業推薦標準。但水利部開展的《全國城市飲用水水源安全保護規劃》仍采用《全國城市飲用水水源保護區劃分技術規則》，將水源劃分為保護區和準保護區，兩者存在顯著差異(左等，1996)。
(2)飲用水水源保護區水質目標管理的依據缺乏針對性。
我國地下水飲用水源地水質評價的主要依據是《地下水質量標準》(GB/T 14848-93)中集中式生活飲用地下水的水質要求，但該標準作為水質評價的依據，顯示出許多局限性，不能顯示水源地的重要性。要制定水源保護區專項水質目標和國家標準，為政府部門和制水企業檢驗判斷水源水質提供科學依據(張力，206543)。王燕等，2009；李，，2009)。
(3)飲用水水源保護區的保護措施不完善。
我國法律法規對飲用水水源保護區排汙的規定不壹致。其中，《中華人民共和國和國家水法》規定，禁止在飲用水水源保護區設置排汙口；《飲用水水源保護區汙染防治條例》([89]環管字第201號)規定，二級保護區內原有排汙口必須減少汙水排放量，以保證保護區內水質符合規定的水質標準，準保護區內直接或間接向水域排放廢水必須符合國家和地方汙水排放標準，即允許在二級保護區和準保護區內排放達標汙水(劉崧，20650
水源保護應涉及水量、水質、水生態等方面，但目前我國相關法律法規的重點主要是水質保護標準和措施，並未對水量和水生態做出相應的規定。此外，飲用水水源保護區的保護措施僅禁止汙染水源的行為，對保護和改善水源的措施缺乏指導性意見，尚未提出鼓勵性措施，需要進壹步完善(左等，1996)。