行政許可權的行使原則是:精簡、統壹和效率。所謂精簡，就是精簡機構和人員，解決政府機構龐大臃腫的問題，實行精兵簡政；統壹就是按照權責壹致的原則調整政府部門的職責和權限，明確劃分部門之間的職能分工，將相同或相近的職能交給壹個部門，克服多頭管理、多頭行政的弊端；效率就是提高政府部門的行政效率。
方法可分為三類，即上位法、下位法和同位法。這是從法律的起源來說的:從法律效力來說，上位法最有效，下位法在其下生效。比如憲法和其他法律部門的關系，憲法是上位法，因為其他法律是根據憲法制定的，刑法、民法等其他法律是下位法。上位法是效力較高的法，下位法是效力較低的法。上位法和下位法也是相對的。例如，國務院制定的行政法規與NPC人大常委會制定的法律相比，是從屬法律；與地方國家機關制定的地方性法規相比，是上位法。下位法不能與上位法沖突。
法律依據
行政許可法
第四條規定，設定和實施行政許可應當依照法定的權限、範圍、條件和程序。
第十四條規定，法律可以對本法第十二條所列事項設定行政許可。尚未制定法律的，行政法規可以設定行政許可。必要時，國務院可以發布設定行政許可的決定。實施後，除臨時性行政許可事項外，國務院應當及時提請全國人民代表大會及其常務委員會自行制定法律或者制定行政法規。
第十五條規定，對本法第十二條所列事項，尚未制定法律、行政法規的，地方性法規可以設定行政許可；尚未制定法律、行政法規和地方性法規，因行政管理需要確需立即實施行政許可的，省、自治區、直轄市人民政府的規章可以設定臨時行政許可。臨時性行政許可需要實施滿壹年的，應當提請本級人民代表大會及其常務委員會制定地方性法規。省、自治區、直轄市人民政府的地方性法規和規章不得對應當由國家統壹確定的公民、法人或者其他組織的資格和資質設定行政許可；不得設立企業或者其他組織的設立登記及其已有的行政許可。其設定的行政許可不得限制其他地區的個人或者企業在本地區從事生產經營和提供服務，也不得限制其他地區的商品進入本地市場。
第十六條規定，行政法規可以在法律設定的行政許可事項範圍內，對實施行政許可作出具體規定。地方性法規可以在法律、行政法規設定的行政許可項目範圍內，對實施行政許可作出具體規定。規章可以在上位法設定的行政許可事項範圍內，對實施行政許可作出具體規定。法律、法規對實施上位法設定的行政許可作出具體規定的，不得增設行政許可；行政許可條件的具體規定不得增設其他違反上位法的條件。