1、醫療機構其他各項經營收入，扣除相關成本、費用和損失後，依法繳納企業所得稅；非營利性醫院的其他經營收入直接用於改善本單位衛生機構衛生服務條件的，經稅務機關審核批準後，可扣除其應納稅所得額，余額可征收企業所得稅。
2、營利性醫療機構自用的房產、土地，房產稅、土地使用稅登記後3年；非營利性醫療機構占用的房產和土地，免征房產稅和土地使用稅。
3、所有醫療機構對自己的車船稅依法征收。
4.對所有醫療機構轉讓的房地產征收契稅，對轉讓的房地產征收土地增值稅。
5.凡繳納增值稅、消費稅的醫療機構，必須依法征收相關的城市維護建設稅、教育費附加或地方教育費附加。
6、個人獨資、個人合夥、個體醫療機構或診所，應依法征收個人所得稅。
7.所有醫療機構支付超過個人所得稅起征點的工資薪金，或者支付非醫療機構門診、會診、主刀等費用，支付利息、股息、紅利的，應當依法代扣代繳(或者自行申報)工資薪金、勞務報酬、股息、利息紅利等個人所得稅。
8.地方省市政府規定的其他，如水利基金、地方教育附加、殘疾保障金等。以醫院所在地政府的具體規定為準。
9、營利性和非營利性醫療機構及其收入的認定和劃分，按照《財稅〔2009〕122號、財稅(2065 438+08)13號關於非營利性機構免稅資格管理有關問題的通知》的相關規定執行。
中華人民共和國稅收征收管理法第三條稅收的征收、停止、減稅、免稅、退稅、補稅，依照法律的規定執行，法律授權國務院執行的，依照國務院制定的行政法規的規定執行。任何機關、單位和個人不得違反法律、行政法規的規定，擅自作出稅收的開征、停征、減稅、免稅、退稅、補稅以及其他與稅收法律、行政法規不壹致的決定。
第四條依照法律、行政法規負有納稅義務的單位和個人為納稅人。法律、行政法規規定有代扣代繳稅款義務的單位和個人為扣繳義務人。納稅人、扣繳義務人必須依照法律、行政法規的規定納稅、代扣代繳、代收代繳稅款。
第五條國務院稅務機關主管全國稅收征收管理工作。地方國家稅務局和地方稅務局按照國務院規定的稅收征收管理範圍分別進行稅收征收管理。地方各級人民政府應當依法加強對本行政區域內稅收征管工作的領導或者協調，支持稅務機關依法履行職責，按照法定稅率計算稅額，依法征收稅款。各有關部門和單位應當支持和協助稅務機關依法履行職責。任何單位和個人不得阻礙稅務機關依法執行職務。