1.受理移送案件的人民法院認為移送的案件依法不屬於自己管轄的，應當報請上級法院依法指定管轄。
2.有管轄權的人民法院因特殊原因不能行使管轄權的，由上級法院指定管轄。特殊原因包括法律原因(如法官全部回避)和事實原因(如自然災害)。
3.人民法院之間因管轄權發生爭議，協商不成的，報請上級人民法院指定管轄。雙方為同壹地、市轄區的基層人民法院的，由該地、市中級法院及時指定管轄；兩個人民法院分屬同壹省、自治區、直轄市的，由該省、自治區、直轄市的上級法院及時指定管轄；雙方為跨省、自治區、直轄市人民法院，高級人民法院協商未達成壹致意見的，由最高人民法院及時指定管轄。報請上級人民法院指定管轄應當逐步進行。
公安機關指定管轄規定
第十五條刑事案件由犯罪地公安機關管轄。由犯罪嫌疑人居住地的公安機關管轄更為合適的，可以由犯罪嫌疑人居住地的公安機關管轄。
犯罪地包括犯罪行為發生地和犯罪結果發生地。犯罪發生的地點，包括實施犯罪的地點和與犯罪有關的地點，如預備地點、起點地點、經過地點和終點地點；犯罪行為有連續、持續或者繼續的，犯罪行為有連續、持續或者繼續的地點屬於犯罪行為發生地。犯罪結果發生地包括犯罪客體被侵害地、犯罪所得實際取得地、藏匿地、轉移地、使用地和出售地。
住所包括住所和經常居住地。經常居住地是指公民離開戶籍所在地連續居住壹年以上的地方。
第十九條管轄不明或者有爭議的刑事案件，可以由有關公安機關協商解決。協商不成的，由* * *的上級公安機關指定管轄。
對於有特殊情況的刑事案件，可以由上級公安機關指定管轄。
指定管轄是指在司法實踐中，當管轄不明確、有爭議或不方便時，上級司法機關依法變通，指定下級司法機關管轄。在刑事領域，在調查、起訴和審判階段實際上可能有指定的管轄權。
需要被指定管轄的三種情況是:
1.管轄不明:根據現行法律規定，無法確定明確的管轄法院，即“無人應管”的情況；
2.有爭議且協商不成:根據法律規定，幾個機關可以同時主管，即“都可以主管也可以不主管”，經協商，尚未確定管轄機關的情況；
3.管理不便:因客觀或緊急情況，有管轄權的法院不宜行使管轄權，由上級人民法院以指定方式確定案件管轄，如法院所在地發生地震災害，或法院單位集體避免受賄。
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法律依據:
《中華人民共和國刑事訴訟法》第二十七條
上級人民法院可以指定下級人民法院審理管轄不明的案件，也可以指定下級人民法院將案件移送其他人民法院審理。