首先，員工與公司簽訂的勞動合同是雙方權利義務的基礎。如果勞動合同明確約定了計算方法、扣除條件、扣除比例等相關內容，且這些內容不違反法律法規的強制性規定，那麽公司依據合同扣除員工的績效提成是合法的。
其次，公司內部規章制度也是判斷公司行為是否合法的重要依據。如果公司的規章制度規定了績效提成的扣除標準和程序，並且這些規定是經過法定程序制定和公示的，員工也是知情同意的，那麽公司在遵守規章制度的前提下扣除員工績效提成是合法的。
但如果公司在扣除員工績效提成時違反了勞動合同或規章制度的規定，或者違反了相關法律法規的規定，那麽這種行為就可能構成違法。比如公司擅自降低績效提成的計算標準或者無故克扣員工的績效提成，就可能侵害員工的合法權益，員工有權依法維護自己的權益。
此外，根據《中華人民共和國勞動法》等相關法律法規，員工的工資、獎金、津貼等勞動報酬應當按時足額發放，不得任意克扣或者無故拖欠。因此，如果公司克扣員工績效提成違反了這些規定，就可能構成違法行為。
總而言之:
公司扣除員工績效提成是否合法，要看勞動合同、公司規章制度和相關法律法規。如果公司的行為符合雙方的約定和相關法律法規，則合法；反之，可能構成違法行為。面對此類問題，員工應了解自己的權利和義務，依法維護自己的合法權益。
法律依據:
中華人民共和國勞動法
第50條規定:
工資應當以貨幣形式按月支付給勞動者本人。不得克扣或者無故拖欠勞動者的工資。
中華人民共和國勞動合同法
第30條規定:
用人單位拖欠或者未足額支付勞動報酬的，勞動者可以依法向當地人民法院申請支付令，人民法院應當依法簽發支付令。
工資支付暫行規定
第15條規定:
用人單位不得克扣勞動者工資。有下列情形之壹的，用人單位可以扣繳勞動者工資:
(壹)由用人單位代扣代繳的個人所得稅；
(二)由用人單位代扣代繳、由勞動者個人承擔的社會保險費；
(三)法院判決、裁定要求扣繳的贍養費、扶養費；
(四)法律法規規定可以從勞動者工資中扣除的其他費用。