第二十八條違反本條例第二十二條規定，項目竣工後，未向環保部門限期申報環境保護設施竣工報告的，由環保部門責令限期改正。逾期不改正或者造成汙染的，停止生產、經營和使用，並可根據不同情況處以5萬元以下罰款。
第二十九條違反本條例第二十壹條規定，環境保護設施沒有與主體工程同時投入生產或者沒有達到國家有關建設項目環境保護管理規定要求的，由環境保護行政主管部門根據不同情況，責令限期改正，停止生產經營。根據國家有關汙染防治的法律、法規進行處罰。
第三十條違反本條例第七條規定，未經批準建設處理、處置有毒有害廢物項目的，依照本條例第二十七條的規定處罰；環保部門根據轉移廢物的數量和危害程度，對廢物轉移單位處以2萬至20萬元的罰款。
第三十壹條。違反本條例，造成嚴重環境汙染或者破壞的，由環境保護部門責令停止建設，停止生產、經營和使用，消除危害，可以並處5萬元以上30萬元以下的罰款，同時對直接責任人員處以其所在單位罰款金額5%以下的罰款。對造成重大環境事故，造成重大財產損失或人身傷亡嚴重後果的直接責任人員，依法追究刑事責任。是建設單位直接責任的，對施工單位按前款規定處罰。
第三十二條各級環境保護部門按照審批權限實施罰款，並繳入同級人民政府財政。
第三十三條當事人對行政處罰決定不服的，可以在接到處罰通知之日起十五日內，向作出處罰決定機關的上壹級機關申請復議；對復議決定不服的，可以在收到復議決定之日起15日內向人民法院提起訴訟。當事人也可以在接到處罰通知之日起15日內，直接向人民法院起訴。當事人逾期不申請復議、不向人民法院起訴又不履行處罰決定的，由作出處罰決定的機關申請人民法院強制執行。
第三十四條
環境保護部門違反本條例第十六條規定，逾期未答復環境影響報告書(表)的，視為申請已獲批準，並承擔審批責任。
各級政府負責人、環境保護部門和有關部門負責人以及國家機關工作人員違反本條例規定，濫用職權、玩忽職守、徇私舞弊的，根據情節輕重，給予相應的行政處分；構成犯罪的，依法追究刑事責任。