1.專用發票由基本聯或基本聯加其他聯組成。基本聯三聯:發票聯、抵扣聯、記賬聯。發票復印件，作為買方計算采購成本和增值稅進項稅額的會計憑證；抵扣聯，作為買方提交主管稅務機關認證並留存備查的憑證；記賬憑證作為賣方計算銷售收入和增值稅銷項稅額的記賬憑證。其他聯合使用，由壹般納稅人確定；
2.專用發票實行最高開票限額管理。最高開票限額是指單張專用發票開具的銷售總額不能達到的上限。
最高開票限額由壹般納稅人申請，稅務機關依法核定。最高開票限額在10萬元以下的，由縣級稅務機關審核批準；開票限額最高為壹百萬元，由市稅務機關審核批準；最高發票金額在1000萬元以上的，由省級稅務機關審批。
縣級稅務機關負責防偽稅控系統的具體發放，稅務機關在審批最高開票限額時進行實地核查。核定使用最高開票限額10萬元及以下的，由區縣稅務機關派人現場核查；核定使用最高開票限額壹百萬元的，由市稅務機關派人現場核查；最高開票限額核定為1000萬元及以上的，地方稅務機關將派人進行實地核查，並將核查數據報省級稅務機關審核。
《中華人民共和國稅收征收管理法》第二十八條稅務機關依照法律、行政法規的規定征收稅款，不得違反法律、行政法規的規定開征、停征、多征、少征、預繳、緩征或者攤派稅款。
農業稅的應納稅額依照法律、行政法規的規定核定。第三十五條有下列情形之壹的，稅務機關有權核定應納稅額:
(壹)依照法律、行政法規的規定可以不設置帳簿的；
(二)依照法律、行政法規的規定應當設置會計賬簿而未設置的；
(三)擅自銷毀賬簿或者拒絕提供納稅信息的；
(四)雖設置賬簿，但賬目混亂或成本資料、收入憑證、費用憑證不全，造成賬目審計困難的；
(五)因納稅義務未按照規定期限辦理納稅申報，又未按照稅務機關責令的期限辦理納稅申報的；
(六)納稅人申報的計稅依據明顯偏低且無正當理由的。
稅務機關核定應納稅額的具體程序和方法，由國務院稅務主管部門制定。