銷售農民專業合作社成員生產的農產品，視同農業生產者銷售自產農產品，免征增值稅；壹般納稅人從農民專業合作社購進的免稅農產品，可按13%的抵扣率抵扣進項增值稅；農民專業合作社向合作社成員銷售的農膜、種子、種苗、化肥、農藥和農業機械，免征增值稅；農民專業合作社及其成員簽訂的農產品和農業生產資料購銷合同，免征印花稅。
2.金融支持政策
國家將農民專業合作社全部納入農村信用評價範圍；加大信貸支持力度，重點支持產業基礎紮實、經營規模大、品牌效應高、服務能力強、農戶多、規範管理好、信用記錄好的農民專業合作社；支持和鼓勵農村合作金融機構創新金融產品，改進服務方式；鼓勵有條件的農民專業合作社發展信用合作。
3.金融支持政策
2003年至2010年，中央財政共安排專項資金18多億元，主要用於支持農民專業合作社增強服務功能和自我發展能力。農機購置補貼財政專項資金明年仍將優先用於農民專業合作社。
4.農業項目支持政策
2010農業部等七部委決定將農民專業合作社納入適合農民專業合作社的農業項目申報範圍；尚未明確納入申請範圍的農民專業合作社，要盡快納入，明確申請條件；今後新的涉農項目，只要是適合農民專業合作社的，都要納入申請範圍，明確申請條件。
目前，農業部蔬菜園藝作物標準園建設、規模化畜禽養殖場(小區)建設、健康養殖示範場建設、新壹輪“菜籃子”工程、糧食高產創建、標準化示範工程、國家農業綜合開發項目等已全部委托給符合條件的農民專業合作社。2017合作社將承擔更多申報項目的職能。
法律依據
中華人民共和國鄉村振興促進法
第五十八條國家建立健全農業支持保護體系，實施鄉村振興戰略財政投入保障制度。縣級以上人民政府應當優先安排用於鄉村振興的財政投入，確保投入不斷增強、總量不斷增加，與鄉村振興的目標任務相適應。省、自治區、直轄市人民政府可以依法發行政府債券，用於現代農業設施建設和農村建設。各級人民政府要完善涉農資金統籌整合長效機制，加強財政資金監督管理，全面推行預算績效管理，提高財政資金使用效益。