由於立法的滯後和政府指導監督的缺位，目前我國建設工程履約保證金存在諸多問題:
1，招標文件沒有規定履約保證金，但招標人要求中標人在簽訂合同前提交履約保證金。
2.雖然招標文件中寫明需要提交履約保證金，但具體金額比例並不明確。中標後，招標人再另行決定金額，讓中標人無所適從。
3.招標人收取履約保證金，但不提供工程款支付的擔保。甚至有的投標人直接用中標人的履約保證金支付工程進度款，違背了合同權利義務對等原則，客觀上造成了拖欠工程款包括履約保證金的後果，可能引起拖欠工人工資、材料等連鎖反應。
4.履約保證金的收取主體多種多樣，有招標人直接收取的，也有招標代理機構收取的。
5.有的投標單位要求投標人在投標時按照投標價格的壹定比例提交履約保證金。如果是按照投標總價的壹定比例提交，相關人員可以很容易地通過投標保證金的提交金額計算出投標人的投標總價。這可能對投標人的利益構成潛在威脅。
6.壹些投標人或客戶直接收到現金。這樣容易產生風險，不符合現金管理規定。
7.發包人占用履約保證金時間過長，壹般在竣工驗收後返還。但是，其中壹些與質量保證金捆綁在壹起，質量保證金往往在質量保證期到期後返還，嚴重影響承包商的正常運營。
8.用高額履約保證金嚇跑不知底細的投標人，容易造成暗箱操作、串通投標、不正當競爭。前段時間審查壹個建設工程合同，要求投標人參與投標，中標人以超過30%的巨額投標和履約保證金簽訂合同。而壹個標段只有3000萬元，要求參與投標的企業必須繳納654.38+00萬元的投標保證金(並拒絕銀行保函)。如果他們中標，這筆資金將被轉換成履約保證金。投標保證金和履約保證金占總造價的33%以上。壹些招標單位或招標管理部門與有意向的單位設置“陷阱”，以巨額保證金嚇退不知內情的潛在對手。