長期以來，我國高校教師科研成果轉化中存在著教師與學校的關系:教師將成果交給學校進行轉化，學校卻總是以各種理由將轉化的收益歸於學校，教師收入少；壹些教師為了獲取利潤，自己開公司轉化科研成果，但這分散了教師的精力。由於缺乏業務經驗，改造效果往往不理想。因此，理順教師科研成果轉化中的利益關系，對促進高校科研和科研成果產業化至關重要。
為鼓勵科研成果轉化，中共中央、國務院近日印發意見，提出完善成果轉化激勵政策，構建更加高效的科研體系，創新人才培養、使用、吸引機制。今後科研人員成果轉化的利潤比例將不低於50%。高校不再新辦企業，校企可以聯合招生，培養人才。
擁有科研成果的機構不能自主決定轉讓，這顯然不能適應社會和時代的發展需要，也不利於科研成果向生產力的有效轉化。統計顯示，我國高達90%的科研成果在通過項目驗收後被束之高閣，這與科研成果本身的價值和科研成果轉化機制不暢有關。高校在決定自主轉讓科研成果時，首先要解決科研人員自己轉讓還是第三方專業機構操作的問題。如果由研究人員自己負責轉移，很可能導致轉移的效率低下，也會消耗研究人員的時間。過去，我國高校在推進科研成果產業化時，鼓勵教授和研究人員以自己的科研成果成立公司，這似乎是壹種非常直接的將科研成果快速產業化的措施，但由於教授和研究人員大多不擅長業務，成功率並不高。而且教授的精力也分散了，無法再專心研究，產生新的成果。此外，由於產權不清，教授到底是為學校服務還是為自己賺錢，經常會有爭議。
這就要求高校在推進成果產業化時，要明確教授的權責。國外壹些大學的做法是，科研成果產業化是專業機構的責任，而不是教授。如果利用教授的研究成果建立企業，可以允許教授在企業做兩年的顧問，但兩年後必須做出選擇:繼續在企業工作還是回到學校。在企業期間，企業負責教授的工資。按照我國目前的政策導向，高校今後不再創辦新企業，科研成果轉化必然由專業機構負責，而不是教授創辦企業。
根據《促進科技成果轉化法修正案》(草案)，科技成果轉化的收入將全部返還給單位。對完成和轉化科技成果做出重要貢獻的人員給予獎勵和報酬後，納入本單位科技研究開發和成果轉化經費預算。草案還留有增加獎勵的余地，允許單位規定和約定對科技人員的獎勵和報酬的方式和數額。如果沒有約定，就以法律標準為準。從成果的歸屬來看，這樣的規定是合理的，但如果操作不當，就會產生糾紛，主要表現在兩個方面:壹是轉讓過程中的篡改；二是學校利用自己的強勢地位克扣科研人員的獎勵。
針對這兩個問題，有必要明確成果轉移的程序和教師的收入。對於科研成果的轉化，學校應委托(購買)第三方專業機構的服務，由該機構負責學校科研成果的轉讓、許可和固定價格投入。在選擇第三方專業機構時，應進行公開招標，以保證第三方機構的專業性和獨立性，而不是采取學校組織或研究人員直接負責的方法。同時，學校和教師要簽訂規範的轉讓協議，協議壹經簽訂就具有法律效力，真正將科技成果轉化置於法律保護之下。