司法部門由最高法院和下級聯邦法院組成，包括上訴法院(也稱為巡回法院)、聯邦地區法院、破產法院和聯邦初級法院。聯邦法院接受來自州法院的民事和刑事上訴。聯邦法院的審判管轄權包括專利、商標、聯邦索賠、破產、金融證券、海事法和國際訴訟。
司法部門是獨立於聯邦政府其他兩個部門的三個部門之壹。它受到的唯壹限制是美國憲法建立的制衡。獨立的聯邦司法系統被認為是確保法律對所有公民公平和平等的關鍵。美國憲法中有兩條重要條款有利於司法獨立。
首先，聯邦法官是終身任職的。也就是說，法官不能被免職，除非他們被國會彈劾，並被判犯有叛國罪、受賄罪或其他重罪和輕罪。
第二，憲法規定，聯邦法官的工資在任期內不得降低。換句話說，無論是總統還是國會都無權減少聯邦法官的工資收入。這兩項規定有助於保護法官不受公眾情緒或政治力量的影響，獨立處理案件。
雖然美國憲法的起草者保護司法系統免受政治和輿論的壓力，但挑選法官的過程現在已經變得相當政治化。最高法院和下級聯邦法院的法官由總統提名，在就職前必須得到參議院的批準。
根據法律，最高法院由九名法官組成。聯邦下級法院，包括它們的管轄權、法官人數和經費，都是由國會決定的。所有的聯邦法官都必須得到參議院的批準才能獲得終身職位。然而，在國會休會期間，總統有權任命非終身任期的法官。聯邦地方行政法官主要負責保釋、發布逮捕或搜查等司法命令、審理壹般違法案件，由聯邦地區法院任命，任期8年。