衛生局是地方各級醫院的主管部門。有辦公室、醫務政治部、健康教育所、愛衛會等職能部門，分管食品衛生、執業醫師法的實施、醫療事故的處理等等。
衛生局的主要職能:
(壹)貫徹執行黨和國家關於衛生工作的方針、政策、法律、法規和規章；因地制宜，研究起草衛生工作的地方性法規、規章和政策；研究擬定地方衛生事業發展和改革的相關規劃、工作計劃、政策和指導意見，並組織實施。
(二)根據當地國民經濟和社會發展總體規劃，編制當地衛生發展規劃、區域衛生規劃和年度工作計劃，並負責組織實施。
(三)負責傳染病和慢性非傳染性疾病的預防和控制。依法對傳染病進行監測，建立預警機制，預防和控制疫情的發生和蔓延；組織開展全民健康教育和宣傳。
(四)負責地方突發公共衛生事件和突發公共衛生事件的應急管理；負責建立當地院前急救體系和醫療救治體系，組織緊急醫療救援工作。
(五)負責傳染病防治、公共衛生、飲用水衛生、學校衛生、職業衛生等相關公共衛生的監督管理。研究和監測與人民健康密切相關的各類重大風險和致病因素。
(六)負責地方各級醫療衛生機構設置、醫療服務機構設置、醫療新技術運用、大型醫療設備配置、醫療衛生從業人員和婦幼保健專項技術等工作。依法動員和組織公民無償獻血，監督管理采供血機構和臨床用血安全。
(七)負責制定或審定(審核、批準)各級各類醫療衛生機構的醫療、護理、醫療技術及相關服務的質量標準、技術規範和職業道德，並實施監督管理。
(八)依法管理醫療機構內部臨床藥學工作。協助價格主管部門制定醫療衛生服務價格，負責監督各級各類醫療衛生機構醫療服務價格的執行。
(九)負責制定地方中醫藥工作規劃，促進中醫藥和中西醫結合協調發展。
(十)研究制定社區衛生、農村衛生、婦幼衛生和初級衛生保健的規劃和政策，並組織實施。
(十壹)負責制定地方衛生科技規劃，組織地方重大衛生問題研究和重點科研項目，指導科技成果轉化和推廣；負責地方實驗室及其與人群健康相關的實驗活動的生物安全監管。
(十二)負責制定本地衛生人才規劃；指導和組織衛生專業技術職務聘任和資格認證相關工作；負責制定衛生從業人員繼續教育和相關專業培訓的規劃和計劃，並組織實施。
(十三)負責收集和發布本地公共衛生、醫療服務等相關衛生信息和政府信息；組織醫療衛生領域的國際交流與合作。
(十四)負責衛生局幹部管理工作；與相關部門共同管理醫保局。
(十五)負責受理行政復議和行政訴訟。
(十六)承辦當地政府交辦的其他工作。