二、醫療行業分類，享受不同政策。
根據我國城鎮醫藥衛生體制改革的總體部署，所有醫療機構將根據性質、功能和任務分為非營利性醫療機構和營利性醫療機構兩類。
所謂非營利性醫療機構，是指政府設立的承擔基本醫療服務，代表地方或國家水平的醫療機構。主要是享受政府的財政補貼，不以盈利為目的，收入用於醫療服務成本，其實際運營中的節余只能用於自身發展。
所謂營利性醫療機構，是指那些醫療服務的收入可以作為投資者的經濟回報的醫療機構。其服務項目可根據市場需求定制，並報衛生行政部門批準；醫療服務價格實行市場調節，自主制定。個體、民營、股份制、股份合作制、中外合資醫療機構都是營利性醫療機構。
上述非營利性醫療機構和營利性醫療機構須經衛生行政部門批準，並在執業登記中註明“非營利性醫療機構”或“營利性醫療機構”字樣，許可證方為有效。
(壹)關於非營利性醫療機構的稅收政策
非營利性醫療機構應當按照國家規定的價格收取取得的醫療服務收入的各項稅收；未按國家規定價格取得的醫療服務收入，不得享受此項稅收優惠政策。享受優惠政策免征的稅種有:營業稅、增值稅、企業所得稅、房產稅、城鎮土地使用稅、車船使用稅等。
但非營利性醫療機構從事非醫療服務的收入，如租金收入、財產轉讓收入、培訓收入、對外投資收入等。，應該繳納各種稅；非營利性醫療機構取得的非醫療服務收入，直接用於改善醫療衛生服務條件的，經稅務機關審核批準後，可在應納稅所得額中扣除，余額征收企業所得稅；非營利性醫療機構的藥房是獨立的藥品零售企業，應按國家規定征收各種稅收。
(2)營利性醫療機構稅收政策
營利性醫療機構取得的收入直接用於改善衛生醫療條件的，自取得執業登記之日起三年內給予以下優惠:取得的醫療服務收入免征營業稅；對其自產自用制劑免征增值稅；其機構使用的房產、土地和車船，免征房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅。但營利性醫療機構的藥店是獨立的藥品零售企業，應按規定征收各種稅。