民法典和民事訴訟法主要適用於民事；行政主要適用行政法律、法規和行政訴訟法；舉證責任不同。民事訴訟中，誰主張權利誰負責舉證，訴訟目的不同。民事訴訟要解決的是平等主體之間的民事權利義務糾紛；行政訴訟要解決的是國家行政機關的具體行政行為是否合法、正確。
主體的不同。
民事訴訟:公民、法人、其他組織之間以及他們之間因財產關系和人身關系而進行的訴訟。刑事訴訟:審判機關、檢察機關、偵查機關在當事人和訴訟參與人的參與下，依照法定程序解決被告人的刑事責任問題。行政訴訟:公民、法人或者其他組織認為行政機關和法律、法規授權的組織作出的具體行政行為侵犯其合法權益，依照法定程序向人民法院提起訴訟，由人民法院在當事人和其他訴訟參與人參加的情況下，對具體行政行為的合法性進行審查並作出裁定的制度。民事糾紛是指平等主體之間以民事權利義務為內容的社會糾紛。刑事糾紛是指犯罪人與被害人之間由於利益、情感等原因而通過犯罪的特殊外在形式表現出來的不協調關系。兩者的區別在於，民事糾紛的當事人是平等的主體，刑事糾紛的當事人，在公訴案件中是代表國家行使上訴權的檢察院，而在自訴案件中，雙方的地位是平等的。
法律依據:《中華人民共和國民事訴訟法》第三條人民法院受理公民、法人、其他組織以及他們之間因財產關系和人身關系提起的民事訴訟，適用本法規定。
《中華人民共和國刑事訴訟法》第壹百六十九條凡需要提起公訴的案件，都由人民檢察院審查決定。
《中華人民共和國行政訴訟法》第三條人民法院應當保障公民、法人和其他組織起訴和受理依法應當受理的行政案件的權利。行政機關及其工作人員不得幹預、阻撓人民法院受理行政案件。被訴行政機關負責人應當出庭應訴。無法出庭的，應當委托行政機關相應工作人員出庭。