這是商標法之外又壹部提到地理標誌的法律。由於人們對地理標誌的理解是基於知識產權保護的原則，而質檢機關多年來壹直在做相關工作，所以在理解農業法的上述規定時，壹般認為相關法律或行政法規應該是商標法或地理標誌保護的規定。
然而，目前我國幾乎所有的地理標誌產品都是農產品，農業部門直接面臨著上述工商、質檢系統多年來對農產品地理標誌的申請登記和使用監管缺失導致的農業生產經營者的困惑甚至投訴。
因此，憑借在農業管理過程中熟悉和方便的優勢，如特定區域特定產品的特殊品質、產品地理範圍的劃定、生產過程的監控等。，農業部門認為開展農產品地理標誌認證管理相對高效，爭議較小。正因為如此，農業部於2007年6月5438+2月發布了《農產品地理標誌管理辦法》，隨後開始接受申請並發放了壹批農業部農產品地理標誌專用標誌。根據該辦法，農產品地理標誌註冊申請人是縣級以上地方人民政府根據具體情況選定的農民專業合作經濟組織、行業協會等組織，類似於質檢部門受理的條件；但不同的是，農業部的程序需要通過復審和異議進行實質審查，類似於商標審查流程。所以可以說，農業部門是在試圖利用自身在農業管理方面的優勢，建立農產品地理標誌保護制度，以克服工商和質檢部門兩種制度的不足。
但是像質檢部門，雖然農業部門可以根據自己的部門規章對壹個農產品進行檢測和判定，允許使用壹個特殊的標識(即農產品地理標誌)，但是由於缺乏法律依據，在執法上存在很大的障礙。