《土地承包法》中土地承包經營權流轉的“有償”原則與土地流轉自治法不相容。農村土地承包經營權流轉應當尊重承包方的意願和選擇，任何人無權幹涉。流通中“賠償”問題的決定權應該掌握在雙方手中，立法代替當事人做決定顯然不合理。
(二)有限制流通主體的規定。
土地承包經營權的受讓方必須是農民，甚至僅限於用人單位中的農民，對入股的限制顯而易見。這些規定與市場經濟統壹原則相沖突，剝奪了其他市場主體爭取土地流轉市場的權利，限制了承包方選擇流轉對象的自由。
(三)流通對象的問題
《農村土地承包法》和《物權法》對家庭承包的土地承包經營權和通過其他方式流轉的土地承包經營權沒有明確規定，使得土地承包經營權流轉的理論和實踐無法有效結合。
(四)流通方式的規定不完善
關於土地承包經營權流轉的規定，沒有明確規定其他有償流轉方式，對無償流轉重視不夠。再者，轉讓方式的債權特征非常明顯，轉讓方式之間的內外部沒有明確界定，造成混亂和重復。同時，流轉方式的法律效力不夠明確，物權流轉方式、債權股權流轉方式等概念模糊。最後，家庭承包的土地承包經營權流轉模式存在壹些需要改進的地方，沒有考慮入股和抵押兩種方式。
(五)流通期限的規定有問題。
土地承包經營權流轉在實際執行過程中經常出現矛盾，法律規定中存在對相關政策的曲解。以繼承、轉讓等產權轉移形式流轉土地承包經營權時，流轉期限可以少於承包期剩余期限。租賃、轉包等債權轉讓形式的承包經營權轉讓期限甚至超過30年，與《合同法》20年的債權限制相沖突。
(6)流轉登記不合理。
《物權法》和《農村土地承包法》均規定，土地承包經營權人轉讓、互換土地承包經營權時，不得對抗善意第三人，立法采取對抗方式變更土地承包經營權。與《物權法》規定的未登記債權的合意主義相違背，不利於物權設立和變更的統壹。