因此，只要土地管理部門從實體處理到審批程序的各個環節存在違法情形，人民法院就應當吊銷宅基地使用許可證或者責令土地管理部門重新審批。
對於因土地管理部門批準的宅基地屬於他人承包地或者自留地，侵犯第三人土地承包經營權而發生的糾紛，人民法院受理後主要審查申請人是否符合《土地管理法》第六十二條規定的條件。
批準的宅基地是否在法律規定的範圍內，是否按照《土地管理法》第四十四條的規定辦理了農用地轉用審批手續，是否考慮了土地承包權30年不變的規定，作出了撤銷或者維持批準文件的判決。
未經土地管理部門批準或采取欺騙手段，利用土地建房，侵害集體或相鄰方利益，引起糾紛的。
如果能夠證實村民未經批準或者以欺騙手段取得建房手續建房，侵害了相鄰當事人的合法權益，如影響相鄰房屋的通風、采光、交通等，人民法院既可以作出民事判決，限期清除障礙、拆除違法建築，也可以中止訴訟，建議土地管理部門作出限期拆除違法建築、退出土地的處罰決定。
人民法院在審理宅基地使用權糾紛案件時，如違法建築的買賣、確權等，應當註意只能判決建築材料的權屬，不宜明確違法建築的權屬。
擴展數據:
農村宅基地糾紛的調解程序:
1，向縣級以上人民政府土地管理部門或者鄉級人民政府提出書面申請；
2、當事人出示的證據和依據；
3、工作人員現場調查材料和收集證據；
4.組織雙方當事人進行調解，制作調解書；
5.調解未達成協議，或者調解書送達前壹方或者雙方反悔的，土地管理部門應當及時提出處理意見，報請人民政府作出處理錯誤的決定。
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