(1)明確保護性農業用地的管理模式。生產設施及附屬設施用地直接用於或服務於農業生產，其性質不同於非農業建設項目。根據《土地利用現狀分類》(GB/T 21010-2007)，按農用地管理。
農業設施建設，經營者應當擬定設施建設規劃，並與當地農村集體經濟組織簽訂土地使用協議。涉及土地承包經營權流轉的，應當依法簽訂土地流轉合同。建設農業設施占用農用地的，無需辦理農用地轉用審批手續。其中，生產設施占用耕地的，生產後由經營者負責退耕，不納入耕地減量考核；附屬設施占用耕地的，經營者應當按照“壹對壹”的要求負責補充占用的耕地。
(2)合理控制設施農業附屬設施用地規模。各省(區、市)農業部門要會同國土資源部門，根據相關農業標準、本地區設施農業發展類型和特點，按照嚴格控制設施用地規模、減少占用和破壞耕地的原則，對設施建設標準作出指導性規定，科學制定各類生產設施和附屬設施用地標準。
工廠化作物種植，附屬設施用地規模原則上控制在項目用地規模的5%以內，但最多不超過10畝；規模化種植的附屬設施規模原則上應控制在項目用地規模的3%以內，但最多不超過20畝；規模化畜禽養殖配套設施規模原則上控制在項目用地規模的7%以內(其中，規模化養牛、養羊配套設施規模控制在10%以內)，但最多不超過15畝；水產養殖附屬設施用地規模原則上控制在項目用地規模的7%以內，但最多不超過10畝。應嚴格控制附屬設施用地規模，省級國土資源和農業部門可結合本地實際，制定不高於上述規定限額的具體標準。
(3)嚴格把握保護農用地的範圍。在農業休閑觀光項目和各類農業園區中，建設永久性餐飲、住宿、會議、大型停車場、工廠化農產品加工、中高檔會展等所涉及的土地，不屬於保護農用地範圍，按非農建設用地管理。確需建設的，必須符合土地利用規劃，並依法辦理建設用地審批手續。
在土地利用總體規劃確定的建設用地範圍內，發展設施農業項目需要按建設用地申請用地的，可以按建設用地管理，依法辦理建設審批手續。
(四)引導設施農業合理布局。各地要按照農業發展規劃和土地利用規劃，在保護耕地和合理利用土地的前提下，積極引導設施農業的發展。設施建設應充分利用荒山荒坡、灘塗等未利用土地和低效閑置土地。，且不占或少占耕地。嚴禁占用基本農田。確需占用耕地的，也應盡可能占用劣質耕地，避免濫占優質耕地，同時通過工程、技術等措施，最大限度減少對耕作層的破壞。
法律依據:《中華人民共和國農業法》
第十九條各級人民政府和農業生產經營組織應當加強農田水利設施建設，建立健全農田水利設施管理制度，節約用水，發展節水農業，依法嚴格控制非農建設占用灌溉水源，禁止任何組織或者個人非法占用或者損壞農田水利設施。
第三十二條國家對糧食主產區在政策、資金和技術上給予重點支持，建設穩定的商品糧生產基地，改善糧食倉儲和加工設施，提高糧食主產區的糧食生產、加工水平和經濟效益。