壹方申請鑒定，法院壹般會在對方不同意鑒定的情況下，根據證據進行推定。人民法院根據壹方當事人的主張和證據，以及另壹方當事人對親子鑒定的態度和反證，作出推定。《最高法院關於適用婚姻法若幹問題的解釋(三)》規定了兩種情況下如何推斷親子關系。司法解釋第二條規定:夫妻壹方向人民法院起訴要求確認不存在親子關系並已提供必要證據予以證明，另壹方無相反證據拒絕做親子鑒定的，人民法院可以推定請求確認不存在親子關系壹方的主張成立(否定親子關系存在的推定)；壹方當事人提起確認親子關系的訴訟並提供必要證據予以證明，另壹方當事人在沒有相反證據的情況下拒絕做親子鑒定的，人民法院可以推定請求確認親子關系的當事人的主張成立(必須有親子關系推定)。
鑒定人應由母子-可疑父親或父母-兒子組成，只有父子或母子的鑒定人壹般要求說明鑒定理由；被鑒定的成年人應自願同意鑒定，14以上的青少年應適當征求其對鑒定的意見；被鑒定人應知道自己或其近親屬有明確的傳播史，以便提供鑒定參考(遺傳病易發生基因變異)；壹般被鑒定的孩子半歲以上比較好。
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法律依據:
最高人民法院關於適用《中華人民共和國民法典》婚姻家庭編的解釋(壹)第三十九條父母壹方向人民法院起訴要求否認親子關系，並已提供必要證據予以證明，另壹方無相反證據拒絕做親子鑒定的，人民法院可以認為否認親子關系壹方的主張成立。父母壹方或者成年子女起訴要求確認親子關系並提供必要證據予以證明，另壹方沒有相反證據拒絕做親子鑒定的，人民法院可以認為確認親子關系壹方的主張成立。