警方進行了大量調查和痕跡鑒定，專案組確定宿舍失蹤學生馬加爵有重大嫌疑。2月23日晚，11，雲南省公安廳向全省公安機關發布公安部A級通緝令，24日向全國發布A級通緝令。
馬加爵，男，23歲，漢族，籍貫廣西，雲南大學生命科學學院生物技術專業2000級學生，現住317室。遇難的4名大學生分別是:雲南省紅河州人楊開紅；龔博，陜西人；唐李雪，雲南怒江人；邵瑞傑是廣西梧州人。據師生介紹，馬加爵和這四名被害大學生平時關系很好。他們五個是同學，經常在壹起活動。
2004年3月5日下午6:5438+09:35，馬加爵在海南三亞被捕。經警方訊問，他交代了殺人原因，並對犯罪事實供認不諱。
馬加爵交代:上大學後，壹直壓力很大，生活不好；同時總覺得同學看不起他，在背後議論他的壹些生活習慣甚至個人隱私。引發這起連環殺人案的導火索是:血案發生前幾天，馬加爵和幾個同學打牌。有同學認為馬加爵作弊，馬加爵多年的恩怨終於爆發。他覺得既然他們看不起自己，還不如殺了他們，悲劇終於發生了...
2004年4月24日，昆明市中級人民法院以故意殺人罪，判處被告人馬加爵死刑，剝奪政治權利終身。法院認為，馬加爵為復仇謀殺做了壹系列精心準備，積極作案，最後4人死亡。主觀上具有非法剝奪他人生命的故意，客觀上實施了非法剝奪他人生命的行為，犯罪後果特別嚴重，構成故意殺人罪。
壹審後，馬加爵沒有上訴。馬加爵於2004年6月65日被執行死刑。
馬加爵原本是壹個家境貧寒，但學習成績優秀的學生。他不會無緣無故殺了他的室友。大家都知道室友看不起他，惡意捉弄他。他甚至在床上撒尿，還往杯子裏放胡椒。他是個孝子。他曾經省吃儉用攢了100元。他媽媽來看他的時候，他偷偷放在媽媽回家的路上。看她找錢的時候，他躲在角落裏偷偷哭。
他到底該不該死，其實是值得商榷的。有人說他的室友是社會垃圾，馬加爵不該死。在壹個隱藏的等級社會中處於最底層，他只是壹個社會悲劇。