1.產權收益不同:小產權房沒有房產證，不具有合法的所有權、轉讓權、處置權和收益權；商品房手續完備，具有合法的所有權、轉讓權、處置權和收益權。
2.是否有房產證:買小產權房，拿不到國家頒發的房產證、土地使用證、契稅證；商品房由國家出具產權證、國有土地使用證、契稅證。
3.法律保護不同:小產權房沒有國家頒發的土地使用證和預售許可證，國家國土房管局也不會將購房合同備案，所以小產權房買賣不受法律保護；商品房是國家批準的，出售受國家法律保護。
4.房貸不同:買小產權房不能向銀行申請貸款，不能使用公積金貸款，只能壹次性或分期付款；購買商品房可以申請按揭貸款，符合條件的也可以申請公積金貸款。
風險:
1.城鎮居民在農村購買宅基地、農民住宅或“小產權房”等非法土地不能登記發證。
2.小產權房拿不到正規的房產證，所以不構成法律意義上的不動產權。即小產權房只有使用權，沒有所有權。所以不能合法轉讓，對其升值空間影響很大。
3.購房合同不受法律保護，買賣雙方容易產生糾紛。萬壹國家征地拆遷，他們可能拿不到拆遷補償款。
4.當妳想申請銀行貸款抵押時，小產權房是未經主管部門批準建造的，購房者無法提供合法的產權證，所以妳無法申請抵押貸款。
擴展數據:
小產權房是指在農村集體土地上建設的房屋，不繳納土地出讓金，其產權證不是由國家房管部門頒發，而是由鄉鎮政府或村政府頒發，也稱為“鄉產權房”。
“小產權房”不是壹個法律概念，而是人們在社會實踐中形成的約定俗成的稱謂。這種房子沒有國家頒發的土地使用證和預售許可證，購房合同也不會在國土房管局備案。所謂的產權證並不是真正合法有效的。
“小產權房”拿不到正式的房產證，所以不構成法律意義上的不動產權。即小產權房只有使用權，沒有所有權。根據《中華人民共和國土地土地管理法》規定，小產權房不能轉讓或出售給非本集體成員的第三方，即購買後不能合法轉讓。同時對房屋的保值增值也有壹定的影響。
沒有明確規定限制農村產權房的開發建設，開發建設監管缺位，對購房者利益造成壹定影響。同時，沒有開發商的資質，很難保證房屋的質量和房屋的售後保修。
參考資料:
百度小產權房百科