兩條神道
也稱兩部分融合(原是組合)神道或神道。兩部分指的是金剛境界和胎藏境界，和合指的是佛教和神道的融合。如日本《羅山集》卷69:“所謂二部，是最純最空的沙門，以佛合佛，以胎藏金剛陰陽合境界，故以為神佛合壹。”這種神道理論是基於地方遺跡理論和神道派認為“金胎(鉆石境界和胎兒境界)是獨壹無二的”的思想。
認為世間萬物的基本要素是鉆石境界(智、心、識)和胎境界(理、色、土、水、火、風、氣)，如來是兩部分的統壹，萬物都是如來的化身。供奉在伊勢神宮內殿的天界閃耀神，是胎藏世界的大日；金剛界在外宮受大神加持，是個大日子。從鐮倉時代到室町時代(約13 ~ 15世紀)，教義逐漸系統化。主要文獻有紀和簡兩種紙幣。
天臺神道
又稱日吉神道(因為山王在日吉神社)，山王是神道。它建立在天地三真和諧論的基礎上。認為釋迦牟尼是萬神眾生的本體，也是保護山王的日本天臺宗Hiei山的本體。山甲(天臺宗)三豎畫空、假、中和，壹橫畫壹字，謂三真為壹；同樣，山大王的王者性格橫三畫是三真，豎壹畫是壹，也是三真。日本天臺宗用這個理論論證了神佛同體的含義。主要文獻有《山甲小傳》和《三寶方丈集》。
反佛教神道教
日本進入鐮倉幕府(1192 ~ 1333)後，建立了以封建領主經濟為基礎的武士統治體系。宗教界舊的佛教宗派如天臺宗、神道教日漸衰落，而新成立的凈土宗、神道教、日蓮宗、林佶教以及從中國新傳入的曹洞宗等迅速蔓延，神道教界也出現了反對佛教的神道教派別，其中有影響的有:
伊勢神道。14世紀由伊勢神宮外殿的官員創立，這些官員忠厚昌盛，所以也被稱為外殿神道或外殿神道。本文否定了地方痕跡論，提出了以儒、釋、道為主體的系統神道理論。認為宇宙的元神是國家的永恒雕像，其創造萬物的奇妙作用被稱為天神，而二神* * *是壹個整體。
宇宙的原始神有五行之首的水德，而史燚外宮的豐盛受神是水神和食神，與天國的主神相同；史燚內宮崇拜的天界神是太陽神，具有火的美德，與豐饒和接納的大神相互依存；他還強調玉帝的大壹統思想，說“日者大，神也陰。.....神的內在證據是王，顯示仁慈，分享塵埃；為君外用，趙建即將治國。”他們還註重封建道德的宣傳。主要文獻是神道五書。
吉田神道。由室町時期(1469 ~ 1487)京都吉田神社的官員吉田(祖名:布布)創立。也叫布部神道，唯壹神道(說日本自古以來只有神道，而且是“純潔無瑕”)。反對“佛隨神走”的神道理論，認為宇宙的根本神是太元尊神，在日本的《史記》中稱為李國昌尊，是萬物的本體；不是說神是佛的化身，而是說佛是神的化身；神道是護心防鬼神之道。
人心有喜、怒、哀、樂、愛、惡、欲七大功能，生、長、病、老、死五大功能。要讓這些功能正常運轉，就要修行“內外清凈”。聲稱創造的神道是沒有根的神道，是國家固有的神道。主要文獻是神道教的要旨和獨特的神道教名稱和法律的收集。