員工持股的弊端:
第壹，股權激勵容易出現公司和員工之間的股權糾紛。
股權激勵改變了員工單壹的員工身份，成為公司的股東。壹旦因為員工跳槽或員工被辭退而引發勞動爭議，情況就會變得復雜，因為除了勞動爭議，公司和員工之間還不可避免地會有股權糾紛。對於上市公司來說，情況要樂觀得多，因為員工只是股票二級市場的壹員，但對於有限責任公司來說，必須謹慎處理。因此，公司在制定員工持股計劃時，壹定要設計好與員工發生勞動糾紛後的股票退出方案，否則很容易陷入股權糾紛的泥潭。
第二，股權激勵要註意持股數量。
持股過多的後果就是大家都是百萬富翁，千萬富翁，那麽作為高管和員工，就會失去工作的激情。如報道所說，深圳創業板的公司每天都在上演百萬富翁的神話，結果這些公司的老板都去做其他投資了；如果持股數量太少，既不會讓高管和員工感受到持股的激勵作用，也不會產生凝聚力。所以，股數的選擇很重要。
第三，股權激勵要平衡公司創始員工和新進員工的利益。
沒有周密的規劃，股權激勵很容易導致老員工吃老本，新員工付出很多卻趕不上的局面。所以，在不降低新員工積極性的前提下，保護老員工作為創始人的利益非常重要，否則公司會因為分配不公而容易分裂。
因此，在進行股權激勵時，應該分別為創始員工和新員工設計股權激勵。
四、防止股權激勵導致高級股東控制公司。
如果不重視股權激勵的控制，很有可能導致公司被管理者控制或者董事會股東會陷入僵局，從而影響公司的運營。作為公司創始股東，出現這樣的情況是極其可悲的。黃光裕和陳曉之爭，應該是給企業家進行股權激勵敲響了警鐘。在股權激勵方案中，如何保證原始股東的控制權應該排在整個股權激勵方案的首位。
員工持股的好處:
1.員工成為股東後成為公司股東；
2.股東權通常簡稱為股權或股東權利，是指股東基於其出資對公司享有的法定權利。我國《公司法》第四條規定，公司股東依法享有資產收益權、參與重大決策權和選擇經理權。除了這壹條，《公司法》還在其他許多條款中規定了股東的具體權利。
股東權利可以歸納為以下十二類:
(1)股票或其他股權的發行權；
(二)股份轉讓權；
(3)股息請求權，即資產收益權；
(四)股東大會的臨時召集權或自行召集權；
(5)出席股東大會，行使表決權，即參與重大決策的權利和選擇管理者的權利；
(六)監督檢查公司財務的權利和查閱會計賬簿的權利；
(七)查閱、復制公司章程、股東會會議、股東會會議記錄、董事會會議決議、監事會決議的權利；
(8)優先認購新股；
(九)公司剩余財產的分配權；
(10)權利損害救濟權和股東代表訴訟權；
(11)申請公司重整的權利；
(12)對公司經營的建議和查詢權。