支付社會保障差額有兩種方式:
1.單位未按上年度職工實際平均工資申報繳費基數，導致繳費基數存在差異。公司提供這部分款項的相關材料給社保中心審批，並辦理差額支付；
2.社保要求公司每年4月份重新申報上壹年度職工平均工資(即繳費基數)。人社局將根據當年公布的社保工資，在4月份調整社保繳費基數的上下限。4月份未公布社保工資的，仍按上年基數的上下限執行。社保工資公布後，按新的社保繳費基數執行。期間如因社保基數上下限調整導致基數差異，需補繳4月至新基數執行期間的差額。
法律依據
中華人民共和國社會保險法
第十二條用人單位應當按照國家規定的職工工資總額比例繳納基本養老保險費，記入基本養老保險統籌基金。職工應當按照國家規定的工資比例繳納基本養老保險費，記入個人賬戶。無雇工的個體工商戶、未在用人單位參加基本養老保險的非全日制從業人員和其他已參加基本養老保險的靈活就業人員，應當按照國家規定繳納基本養老保險費，並分別記入基本養老保險統籌基金和個人賬戶。第二十三條職工應當參加職工基本醫療保險，用人單位和職工應當按照國家規定繳納基本醫療保險費。無雇工的個體工商戶、未在用人單位參加職工基本醫療保險的非全日制從業人員和其他靈活就業人員，可以參加職工基本醫療保險，個人按照國家規定繳納基本醫療保險費。第三十五條用人單位應當按照職工工資總額和社會保險經辦機構確定的費率繳納工傷保險費。第四十四條職工應當參加失業保險，用人單位和職工應當按照國家規定繳納失業保險費。第五十三條職工應當參加生育保險，用人單位應當按照國家規定繳納生育保險費，職工不繳納生育保險費。