1.罰款:根據國家稅收法規，未充分使用進項發票抵扣的企業可能面臨罰款。罰款的數額可以根據企業的違規程度和稅務局的具體規定而有所不同。
2.滯納金:如果企業沒有按時完成退稅申請，可能需要繳納滯納金。滯納金的計算方法通常是根據未退稅額和逾期天數。
3.信用缺失:企業的信用記錄可能受到影響，從而影響未來的業務合作和融資。
4.稅務局審計:稅務局可能會對企業進行更嚴格的審計，以確保合規。這可能導致企業支付額外的審計費用和人力成本。
5.財務費用增加:申請退稅可能需要額外的財務費用，如律師費、咨詢費等相關費用。
6.時間成本:退稅申請和審批流程對企業來說可能需要較長時間，會影響企業的現金流和生產計劃。
7.有限的稅收優惠:如果企業未能全額抵扣進項發票，可能無法享受稅收優惠，如R&D費用加計扣除、增值稅減免等。
8.內部管理風險:企業可能面臨內部管理風險，如稅務合規風險、發票管理風險等。
生產企業壹般納稅人出口40萬，只有25萬的進項票。如果想直接申請退稅，根據我國增值稅政策，可以申請退稅25萬元。但妳需要考慮654.38元+0.5萬元沒有進項發票的部分。
654.38+0.5萬元無進項發票部分，需確認該部分銷售額是否適用增值稅優惠政策。在某些情況下，如果出口貨物是免稅或減稅的，那麽這部分銷售額可能不需要繳納增值稅。但是，如果這部分銷售額不符合增值稅優惠政策，那麽妳可能需要為這部分銷售額繳納增值稅。
如果沒有足夠的進項發票抵扣這部分銷售額的增值稅，可能需要根據適用的稅收政策繳納相應的附加稅。附加稅通常包括城市維護建設稅、教育費附加和地方教育費附加。具體稅收政策可能因地區而異。具體規定建議妳咨詢地稅局。
簡而言之，對於654.38元+0.5萬元無進項發票的部分，需要按照適用的稅收政策繳納相應的增值稅和附加稅。在此過程中，請務必了解並遵循相關稅收法律法規，避免額外的法律風險和經濟損失。