水產種質資源保護區，是指為保護水產種質資源及其生存環境，在具有較高經濟價值和遺傳育種價值的水產種質資源的主要生長繁殖區，依法劃定並進行特殊保護和管理的水域、灘塗、鄰近島嶼、礁石和陸域。
近年來，針對工程建設等人類活動占用和破壞重要水生生境和傳統漁業水域，嚴重影響漁業可持續發展和國家生態文明建設的嚴峻形勢，我國大力組織實施增殖放流、休漁禁漁等水生生物資源保護措施，同時， 根據《漁業法》等法律法規的規定和國務院《中國水生生物資源保護行動計劃》的要求，從2007年開始積極推進水產種質資源保護區的建立，至今已批準並公布了四批。
這些保護區可保護數百種國家重點保護漁業資源及其產卵場、索餌場、越冬場、洄遊通道等重點棲息地654.38+萬平方公裏以上，初步建成覆蓋各海域和主要內河湖泊的水產種質資源保護區網絡。劃定水產種質資源保護區是協調經濟發展和資源環境保護的有效手段，對減少人類活動的不利影響，緩解漁業資源衰退和水域生態惡化具有重要作用，取得了良好的生態和社會效益。
隨著水產種質資源保護區數量的增加，覆蓋面和影響範圍不斷擴大，迫切需要制定管理辦法，進壹步規範和加強保護區管理，解決相關法律法規規定的比較原則、部分涉及水產種質資源保護區等重要漁業水域的建設項目未依法對漁業資源損失進行評估和補償、部分主管部門在環境影響評價過程中未征求或采納漁業主管部門意見等問題。為此，我部在廣泛征求意見和認真研究論證的基礎上，制定了《辦法》。《辦法》明確了水產種質資源保護區的設立條件、審批程序、主管部門、管理機構和主要職責，規定了保護區內禁止或限制的活動，進壹步完善了涉及水產種質資源保護區的工程建設項目環境影響評價程序。