地方保護主義有很多原因。根本原因是壹些地方政府領導黨性觀念淡薄，大局意識不強，只顧局部，不顧大局。只關心地方，不管中央；只關心眼前，不顧長遠，有的為了保護局部利益，甚至無視黨紀國法。此外，地方保護主義還有其他原因:
(壹)法律法規不健全
反對地方保護主義的立法工作相對落後，缺乏相應的法律法規，給司法和行政執法機關辦案帶來困難。在現行法律中，雖然對地方保護主義有壹些法律限制，比如《反不正當競爭法》第七條規定:“政府及其所屬部門不得濫用職權，限制外國商品進入本地市場或者本地商品流入外地市場。”但這部頒布於1993年的法律，受到當時條件的限制，對受法律制裁的壟斷行為界定較窄，缺乏可操作性。
(二)財稅政策有缺陷
1980實行的“靠廚房吃飯”的財政體制和1994實行的以分稅制為基礎的分稅制財政體制，對深化財稅體制改革、理順中央與地方的財稅關系發揮了積極作用。但與此同時，財政契約和各種地方稅設置後，財政狀況直接關系到地方經濟利益。因此，地方政府和地方企業，尤其是地方國有企業，不可避免地在相當多的方面形成了同壹利益主體，這也導致了地方保護主義的出現。
(三)國有企業改革不到位
現在壹些地方的國企改革比較落後，觀念落後。他們依然習慣在政府的羽翼下“等、靠、要”；負擔重，步伐難，創新能力弱；機制僵化，市場意識薄弱。這樣的企業無法適應激烈的市場競爭，面臨著在競爭中被淘汰的窘境。地方政府在自身利益的驅使下，濫用行政權力，借助市場準入限制、財政傾斜等保護性措施來維護與之相關的低效國有企業的市場。
(四)績效考核存在漏洞。
在行政分權階段，實行行政領導幹部行政任命制，經濟增長率等地方經濟發展的相關指標成為考核幹部政績的主要標準。這會導致壹些地方領導為了自己的利益，采取違背市場經濟發展的行政手段，比如加強資源配置的地方化，保護地方市場，從而增加地方利益。壹些地方領導為了增加政績，甚至無視黨紀國法，想盡辦法鋌而走險，走上犯罪道路。