該條第三款規定:“沒有故意誣告，或者誣告陷害的，不適用前款規定。”所謂誣告，是指誣告他人有犯罪事實。所謂誣告，是指揭發他人犯罪，但揭露的事實與實際情況完全或部分不符的行為。中國憲法規定:“中國人民和中國公民對於任何國家機關和國家工作人員的違法失職行為，有權向有關國家機關提出申訴、控告或者檢舉，但是不得捏造或者歪曲事實進行誣告陷害。”這就在性質上明確區分了誣告陷害。誣告陷害罪與誣告陷害罪在主觀方面有質的區別:前者是故意捏造事實，進行誣告陷害，是犯罪行為；後者是由於情況不明，或者片面理解，在指控上出現錯誤。可見，是否存在誣陷故意，是區分誣告陷害的最基本標誌。
本罪與壹般誣告陷害行為的界限
都有捏造事實誣陷好人的特點。但誣告陷害罪的內容、目的和性質是不同的:誣告陷害罪是捏造事實，意圖使他人遭受刑事處罰，而壹般的誣告陷害行為僅限於捏造錯誤的事實，其目的只是使他人遭受某種行政紀律處分。所以，壹個是犯罪，壹個是違法性質。對於壹般誣陷行為，根據不同情節和後果，可分別給予行政處分、紀律處分或批評教育。
這種犯罪和誹謗的界限
兩者的相似之處在於都是捏造事實，誹謗罪也可能是捏造犯罪事實。它們的主要區別是:
1，客體要件不同:前者侵犯的是公民的人身權；後者侵犯了公民的名譽權。
2.主觀上的區別:前者的目的是使他人受到刑事追究；後者的目的是損害他人名譽。
3.客觀行為不同:前者是捏造他人犯罪事實，通常向國家機關或者有關單位舉報；後者是捏造損害他人名譽的事實，向第三人或者更多人散布，而不是向國家機關或者有關單位散布。如果行為人捏造他人犯罪事實，卻不舉報，而是私下傳播，旨在損害他人名譽，則構成誹謗罪。
此罪與報復陷害罪的界限
兩者都表現為誣陷他人，主要區別在於:
1，客體要件不同:前者侵犯的是公民的人身權；後者侵犯了公民的民主權利。
2.目標不同:前者針對所有公民；後者的對象是控告者、申訴者、批評者、舉報者。
3.科目不同:前者是通用科目；後者是國家機關工作人員。
4.行為不同:前者表現為捏造犯罪事實，進行虛假舉報；後者表現為濫用職權、假公濟私、打擊報復和誣陷。
5、目的不同:前者意在使他人受到刑事追究；後者是壹般復仇的目的。國家機關工作人員為了報復控告人、申訴人、批評人，利用職權捏造犯罪事實向有關機關舉報，完全符合誣告陷害罪的特征，應以誣告陷害罪定罪，而不是報復陷害罪。