在立法目的上，我國現行環境保護法的立法目的僅局限於“保護和改善生活環境和生態環境，防治汙染和其他公害，保障人體健康，促進社會主義現代化建設的發展”，而不包括促進環境安全、保障環境權利和自由、維護環境管理和市場秩序、實現環境正義、提高經濟、社會和環境效率等價值目標。事實上，可持續發展和追求人與環境的和諧已經成為世界各國環境立法所追求的普遍價值目標。
在立法標準上，我國現行《環境保護法》第六條首先強調的是環境義務而非環境權；對於環境權，也僅限於舉報權和不明確的控告權。《裏約宣言》和世界上許多國家的環境立法表明，責任原則和純粹權利標準應當讓位於符合公眾利益的權利標準。如1999的《加拿大環境保護法》、2002年的《俄羅斯聯邦環境保護法》等外國法律，都根據憲法對公民的基本環境權利和義務進行了概括性的政策宣示，明確了社會公共利益的權利標準。
最突出的問題是，在當前市場經濟環境下，現行環保法在環境監管制度上已經顯現出明顯的缺陷。比如，地方各級環保部門受國家環保總局和地方政府的雙重領導，其財權和人事任免權主要取決於地方政府，因此地方環保部門的工作往往受制於地方政府。其次，政府的環保職能分散在環保、水利、交通、國土、公安等多個部門，主管部門關系不明確。環保部門“統壹監督管理”的職能很大程度上被肢解和架空。此外，現行環保法對市場失靈和政府失靈導致的環境問題缺乏對策；公眾參與和環保社會團體的建立和發展缺乏相應的鼓勵和支持政策；與環境保護相關的市場和經濟發展問題，如環境產權的確認、環保產業的發展等，沒有相應的確認、保障和促進機制。