自治區林業和草原主管部門主管喀山自然保護區的工作，其下設的喀山自然保護區管理機構負責管理保護區的自然資源和環境。
喀山自然保護區管理機構的主要職責是:
(壹)貫徹執行有關法律、法規、方針和政策；
(二)卡山自然保護區總體規劃和專項規劃的編制和實施；
(三)制定並落實各項管理制度和保護措施；
(四)調查自然資源，建立檔案和數據庫，組織環境監測；
(五)組織科學研究、普及科學知識、宣傳教育；
(六)負責森林防火、野生動物救護、疫情監測和生態公益林保護；
(七)負責野生普氏野馬的保護和管理；
(八)依法查處侵犯自然資源、自然環境和保護設施的行為。第七條卡山自然保護區所在的州(地)、縣(市)、鄉(鎮)人民政府(行署)履行卡山自然保護區生態保護的主體責任，組織協調有關部門和單位落實保護措施，支持卡山自然保護區管理機構開展相關工作。
卡山自然保護區所在地縣級以上人民政府生態環境、發展改革、財政、公安、自然資源、住房和城鄉建設、交通運輸、水利、農業農村、文化、旅遊等主管部門在各自職責範圍內履行卡山自然保護區的相關保護職責。第八條喀山自然保護區管理機構應當會同保護區所在縣(市)、鄉(鎮)人民政府和工業園區等有關單位，制定保護公約，建立聯防聯控機制，劃定責任區，做好保護工作。第九條卡山自然保護區的森林公安機關負責維護自然保護區的治安秩序，依法查處破壞自然資源和自然環境的違法犯罪行為。第十條任何單位和個人都有保護卡山自然保護區的義務，並有權檢舉和控告破壞自然保護區自然資源和環境的行為。
鼓勵自然人、法人或者其他組織以誌願服務和捐贈等形式參與喀山自然保護區的保護。第二章規劃建設第十壹條卡山自然保護區管理機構應當根據國家自然保護區發展規劃，結合卡山自然保護區的自然資源和自然環境條件、野生動物集中分布區、棲息地、遷徙路線和人類活動等因素，組織編制卡山自然保護區總體規劃，經批準後公布實施。
喀山自然保護區總體規劃的編制應當征求自治區有關主管部門、喀山自然保護區所在地人民政府(行署)和社會公眾的意見；必要時應進行論證或聽證。第十二條經批準的喀山自然保護區總體規劃應當嚴格執行，任何單位和個人不得擅自改變；確需變更的，應當按照原批準程序報批。第十三條縣級以上人民政府(行署)及其有關部門制定涉及卡山自然保護區的國土空間規劃、林地保護利用規劃等規劃，應當書面征求卡山自然保護區管理機構的意見，並與卡山自然保護區總體規劃相銜接。第十四條喀山自然保護區分為核心區、緩沖區和實驗區，實行分區管理。
喀山自然保護區管理機構應當根據批準的喀山自然保護區範圍和功能區劃，設立界線標誌和功能界線標誌，並予以公告。
任何單位和個人不得擅自移動或者損壞卡山自然保護區的邊界標誌和功能區的邊界標誌。