水生動物防疫檢疫是指水生動物防疫和水生動物幼體檢疫。
水生動物是指魚類、甲殼類、貝類、軟體類等活體水生動物。，是從海洋和內陸水域合法捕獲或人工養殖的。
水生動物苗種，是指用於水產養殖、增殖、養殖生產和科學研究的水生動物親體、幼體、胚胎等遺傳育種材料。第四條水生動物防疫檢疫應當遵循預防為主、防治結合的原則。第五條縣級以上人民政府應當加強對水生動物防疫檢疫工作的領導，建立健全水生動物防疫檢疫體系，將水生動物防疫檢疫和監督管理經費列入本級財政預算，儲備水生動物疾病應急處理所需的疫苗、藥品、設施和防護用品等物資。第六條縣(市)漁業行政主管部門負責水生動物防疫和檢疫工作。
畜牧獸醫、衛生、工商、交通等行政管理部門在各自的法定職責範圍內負責水生動物防疫檢疫的相關工作。第七條水生動物壹類、二類、三類疫病按照國家動物疫病名錄執行。
自治區漁業行政主管部門可以根據本行政區域的生態環境、養殖品種、養殖方式等實際情況，編制自治區水生動物疫病名錄，報國家有關主管部門批準後公布實施。第八條縣(市)以上漁業行政主管部門應當建立水生動物疫情監測制度，重點監測本行政區域內可能發生水生動物疫情的養殖區域，及時分析水生動物疫情的發生和發展趨勢，制定水生動物疫情應急預案，並組織實施。第九條從事水生動物養殖的單位和個人應當對養殖水域進行消毒，履行水生動物疫病監測和預防責任，建立養殖檔案。
養殖檔案應包含以下內容:
(壹)水生動物的種類、數量、來源和進出境日期；
(二)飼料和飼料添加劑、魚藥等投入品的來源、名稱、用量和儲存設施；
(3)監測和消毒；
(四)水生動物發病、死亡和無害化處理情況。第十條從事水生動物養殖的單位和個人，發現水生動物染疫或者疑似染疫，應當及時向當地縣(市)漁業行政主管部門報告，並采取隔離等控制措施，防止疫情擴散；其他單位和個人發現水生動物染疫或者疑似染疫的，應當及時報告。
接到疫情報告的縣(市)漁業行政主管部門應當及時采取必要的控制措施，並按照國家規定上報；水生動物疫病按照《中華人民共和國動物防疫法》的規定處理。第十壹條縣(市)以上漁業行政主管部門應當加強水生動物苗種檢疫，按照水生動物防疫國家或者行業技術標準實施檢疫；沒有國家標準或者行業標準的，由自治區漁業行政主管部門制定水生動物防疫技術地方標準，報同級標準化行政主管部門審批後公布實施。第十二條銷售或者運輸水生動物苗種的，貨物所有人或者實際管理人應當在實施銷售或者運輸前10日向苗種所在地的縣(市)漁業行政主管部門申報檢疫。經檢疫合格並取得動物檢疫合格證明後，方可離開產地。第十三條縣(市)漁業行政主管部門應當自收到檢疫申報之日起10日內，按照水生動物檢疫技術標準對水生動物苗種實施檢疫，對符合下列條件的，出具動物檢疫證明:
(1)養殖場近12個月未發生水生動物疫情；
(二)魚苗通過臨床健康檢查；
(三)國家規定需要水生動物疫病診斷實驗室檢驗的，檢驗結果符合要求；
(四)法律、法規和規章規定的其他條件。第十四條養殖、銷售或者運輸依法捕獲的水生野生動物苗種的，貨物所有人或者實際管理人應當先對水生野生動物苗種進行隔離，並自捕獲之日起2日內報當地縣(市)漁業行政主管部門檢疫；經檢疫合格並取得動物檢疫證明後，方可投入飼養場所、出售或運輸。
隔離場所應當符合國家規定的條件。第十五條向自然水域放流水生動物苗種的，放流單位或者個人應當委托具有相應資質的機構進行生態安全論證，編制生態安全論證報告，並報自治區漁業行政主管部門；經自治區漁業行政主管部門評估，不會對生態安全造成危害的，方可投入使用。
禁止將不符合生態安全要求的外來物種、轉基因物種、可育雜交種等水生動物苗種投放到自然水域。