壹、對不配合組織調查的處理如下:
1，監督檢查部門責令改正，個人可處5000元以下罰款，單位可處5萬元以下罰款，公安機關可依法給予治安管理處罰；
2、由反壟斷執法機構責令改正，個人可以處二萬元以下罰款，單位可以處二十萬元以下罰款；
3.情節嚴重的，對個人處2萬元以上10萬元以下罰款，對單位處20萬元以上100萬元以下罰款；
4、構成犯罪的，依法追究刑事責任。要求當事人所在單位或者違法行為發生地基層組織協助調查；
5、向上壹級國土資源主管部門和同級人民政府報告；請求公安機關、檢察機關、監察機關或者有關部門協助；向社會通報違法信息。
二、公安調查取證的六種方法如下:
1，自行取證或委托律師調查取證。當然，企業自己最了解自己的自由商業秘密，比如它要保護的信息的秘密點，所以企業自己取證最多也無可厚非。但由於商業秘密案件對證據的要求較高，企業可能無法更好地掌握取證的範圍和方法，因此企業可以選擇聘請專業律師幫助完成取證工作；
2、公證機關公證保全。公證取證是用公證處的公信力記錄權利人取證的過程，將取得的證據在公證處蓋章，提交法院作為訴訟證據；
3.向法院申請證據保全。在證據可能滅失或者以後難以取得的情況下，訴訟參與人可以向人民法院申請證據保全。申請訴前證據保全應當以書面形式提出，壹般應當在舉證期限屆滿前提出；
4.向法院申請調查取證；
5.向工商行政管理部門申請調查取證。商業秘密權利人發現商業秘密被侵犯時，可以按照規定向各級工商行政管理機關申請調查；
6、通過公安機關調查取證。公安機關是我國偵查案件的法定機關，具有強大的偵查力量、先進的技術裝備和豐富的偵查經驗，國家賦予其偵查權。
法律依據:
中華人民共和國刑事訴訟法
第五十二條
法官、檢察官、偵查人員必須依照法定程序收集能夠證明犯罪嫌疑人、被告人有罪或者無罪以及犯罪情節輕重的各種證據。嚴禁刑訊逼供和以威脅、引誘、欺騙或者其他非法方法收集證據，不得強迫任何人證明自己有罪。要保證所有與案件有關系或者知道案件的公民都有條件客觀、充分地提供證據，除特殊情況外，可以聘請他們協助調查。
第五十四條
人民法院、人民檢察院和公安機關有權向有關單位和個人收集、調取證據。有關單位和個人應當如實提供證據。
行政機關在行政執法和案件調查過程中收集的物證、書證、視聽資料、電子數據等證據材料，可以作為刑事訴訟的證據。
對涉及國家秘密、商業秘密和個人隱私的證據應當保密。
無論是誰偽造、隱匿、毀滅證據，無論證據屬於誰，都要受到法律的追究。