(1)辦公室
負責本系統的目標管理考核和監督；協助局領導綜合協調相關工作。
(2)政策法規司
開展有關政策法規的調查研究和宣傳培訓；負責貫徹、建立和實施規範稅收執法的規章制度；負責稅務信息的調查；負責組織對稅收法律法規執行情況的監督檢查；承擔審理重大稅收案件的日常工作；負責稅務行政訴訟、聽證和賠償等涉稅法律事務；負責規範性文件的會簽、稅務檢查案件的審查以及審計、財政監管部門的外部監督。
(3)流轉稅管理處
負責流轉稅業務及其執行情況的監督檢查；制定流轉稅征收管理的具體辦法；管理增值稅專用發票和其他低抵扣憑證的業務；負責金稅工程流轉稅業務的管理、推廣和應用；負責增值稅壹般納稅人的管理；負責流轉稅申報業務的管理。
(4)所得稅管理辦公室
負責所得稅管理業務並監督檢查其執行情況；制定所得稅征收管理的具體辦法；負責城市商業銀行和城鄉信用社的財務制度管理。
(5)國際稅收管理
撤銷涉外稅務分局，將涉外稅務管理處更名為國際稅務管理處。負責國際稅收協定的執行、反避稅、涉外稅務審計、信息交換、中外居民跨國所得稅收監管等國際稅收事務；負責現行涉外企業所得稅政策的管理，並監督檢查執行情況和日常管理。負責涉外稅收政策業務並監督檢查其執行情況，以及市區涉外企業的稅收管理。
(六)進出口稅收管理部門
撤銷進出口稅務分局，保留進出口稅收管理處。
負責國家進出口稅收政策和管理措施的執行、日常監督檢查；負責出口貨物退(免)稅的審批和年終清算；負責出口貨物退(免)稅信息管理系統的推廣、應用和維護；配合相關部門組織實施反避稅檢查。打擊出口騙稅。
(七)征管辦公室
負責綜合稅收征管法律、法規和規章的貫徹實施，結合實際情況制定綜合稅收征管制度和措施；負責本系統稅收征收管理體制的改革；負責稅務登記等稅務信息的管理和應用；牽頭對征管質量進行綜合評估、分析和日常管理；指導和負責個體工商戶和集貿市場的稅收征管和建帳工作；負責組織除增值稅防偽稅控以外的征管軟件和稅控工具的推廣應用；負責社會稅收協作和稅收保護，協助司法機關打擊偽造、倒賣、竊取普通發票等違法行為；負責稅款緩繳、壞賬稅和死稅核銷的管理；牽頭制定並組織實施綜合納稅評估制度和措施；負責納稅服務、日常稅源基礎管理、日常管理檢查及其綜合制度和措施的制定；負責註冊稅務師管理和稅務代理工作的監督、管理和指導；負責稅務人員的管理。
(8)計劃統計部
執行稅收籌劃、會計和統計制度；負責全市經濟稅源的調查和預測，提出稅收計劃分配方案；負責稅源和重點稅源的日常監控管理，測算納稅能力和稅收宏觀、微觀分析；負責全市稅務會計工作，生成和上報各類稅務會計和統計報表，並負責和檢查退稅情況；負責全市稅收票證管理。承辦領導交辦的其他工作。
(9)財務管理辦公室
執行財務管理制度，負責本系統的資金、財務、基建、設備和資產的管理；編制全市和市本級預算、決算；組織內部審計和政府采購；負責下屬單位的財務管理和監督。
規劃和統計部與財務管理辦公室設在同壹地點。原征稽財務室、財務審計局名稱被撤銷。
(10)人事教育司
研究和實施人事管理制度；負責機構編制、編制、任免、考核、招聘、調配、交流、解聘、勞動工資、人事檔案管理、專業技術職務等人事管理工作；負責對下壹級領導班子和領導幹部的監督管理和後備人選的培養選拔；負責本系統的思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育和培訓管理。離退休幹部管理處(副廳級，隸屬人事教育處)。負責離退休幹部的管理和服務工作，指導本系統離退休幹部的管理和服務工作。
(11)監理辦公室
負責監督檢查各級國稅機關及其工作人員在本系統貫徹執行黨和國家的路線方針政策及有關法律、法規和政策的情況；負責本系統黨的紀律檢查、行政監察和廉政建設工作；負責執法監督和整改工作；負責本級管理幹部舉報來信來訪、違法違紀案件和系統內重大案件的調查處理；負責本系統處級領導幹部離任審計。
(十二)辦稅服務廳(原第壹稅務分局更名)
負責受理鹽城市納稅人辦理的各類涉稅申請，即:稅務登記；稅務鑒定(包括壹般納稅人資格鑒定)；賬簿憑證管理；納稅申報包括增值稅、消費稅、所得稅申報(含網上申報)的接收和審核；稅收征收(包括增值稅壹般納稅人納稅申報表復印、進項發票認證、“壹窗式票單審核”)；市區運輸發票、廢舊物資收購發票、海關完稅憑證、農產品收購憑證等四種非增值稅抵扣憑證的電子信息采集傳輸)；發票的領購和繳銷(包括驗舊)以及增值稅專用發票和普通發票的開具；與金稅工程有關的事項；各種涉稅申請(包括壹些稅收法律救濟)；處理壹般違規行為(即以市局名義處理逾期稅務登記、逾期申報、發票檢查中發現的違規行為)；行政許可的受理；欠稅公告；稅務咨詢等工作；負責車輛購置稅的征收管理，承擔領導交辦的其他工作。其內設機構的數量和順序不變，原受理審批科更名為受理科。
(十三)黨委辦公室。
另設黨委辦公室，負責市局機關和直屬事業單位黨務、紀檢、工會、共青團、婦聯、計劃生育、精神文明建設和思想政治工作。(壹)鹽城市國家稅務局直屬稅務分局。
鹽城市國家稅務局直屬稅務分局(更名為原第二稅務分局)，級別為科級，管轄區域不變，其內設機構數量及序列不變。原調查和執行科更名為稅源管理科。
(2)鹽城市國家稅務局稽查局
鹽城市國家稅務局稽查局，級別是鄭可。其內部機制的數量和順序保持不變。負責組織、指導、協調和監督本系統的稅務檢查工作；負責年度計劃確定的重點稅源企業和稅收違法案件的調查、審理和執行；審查下級稅務檢查。鹽城市國家稅務局設立了正科級事業單位。
(1)信息中心
組織稅務管理、綜合管理等信息系統建設；實施信息系統管理制度和技術標準；建立、管理和維護計算機網絡和稅務信息的綜合數據庫；參與組織應用軟件開發和稅控儀器的推廣、應用及技術培訓；負責計算機設備的維修、維護和調配管理。集中處理和深化利用全市國稅征管數據；負責接收網絡應用數據及相關技術處理；負責每月收集和管理信息分析報告的數據收集及相關工作；實時、遠程和全面監控收集和管理活動；深化數據運用，為日常管理和領導決策提供依據。
(2)政府機關服務中心
制定局機關後勤服務和行政事務的規章制度和管理辦法，並組織實施；負責市局車輛管理和接待工作；負責局機關後勤服務的組織和管理；負責局機關的綜合管理工作；負責辦公用品的采購、儲存、分發和維護；負責本局的房地產管理、安全保衛等工作；負責局機關的設備管理。
(3)培訓中心
負責國稅幹部的崗位培訓、崗前培訓和業務培訓，承擔接待和會議服務。鹽城市國家稅務局派駐機構，級別為正廳級。
(1)鹽城市國家稅務局第壹稅務分局(原第三稅務分局更名)
(2)鹽城市國家稅務局第二稅務分局(原第五稅務分局更名)
第壹稅務分局和第二稅務分局管轄區域相同，內設機構數量和序列相同，原查處執行部門全部更名為稅源管理部門。負責納稅服務、納稅評估、稅務行政處罰等稅務管理工作。對轄區內的納稅企業、個體工商戶、各類專業市場，以及稅源管理、戶籍管理、身份管理、發票管理、政策管理、金稅工程、申報管理、欠稅管理等相關的調查、審批和執行。，包括日常管理檢查。按行政區劃設置東臺市國家稅務局、大豐市國家稅務局、鹽都區國家稅務局、建湖縣國家稅務局、射陽縣國家稅務局、阜寧縣國家稅務局、濱海縣國家稅務局、響水縣國家稅務局。以上8家單位均為鹽城市國稅局下屬全功能科級機構。(壹)縣(市、區)國家稅務局內設機構。
各縣(市、區)國家稅務局設六個內設機構，級別為股級。
1，辦公室
制定本局和本系統的年度工作計劃和長遠發展規劃；處理局機關日常事務，起草和審核相關文件和報告；負責綜合會議組織、文秘事務、文電處理、文件檔案、文印、信訪、保密、調研、政務信息、稅務宣傳和外事工作；負責組織稅收科研、學術交流和科研成果的鑒定、評選、推廣和獎勵；制定辦公室規章制度；管理機關財務、機關行政事務等後勤保障工作；負責局機關和系統目標管理的考核和監督工作；組織實施綜合行政管理信息系統；辦理NPC代表和CPPCC委員的建議；協助領導綜合協調相關工作；承辦領導交辦的其他工作。
2、稅務管理司(原綜合司更名)
負責流轉稅、所得稅、車輛購置稅等稅種的稅務管理業務；管理增值稅專用發票；負責金稅工程流轉稅業務的管理、推廣應用、認證報稅、數據采集和日常審計管理；負責增值稅等稅種的納稅評估、日常審計和日常管理檢查；負責涉稅法律事務；負責組織稅收法律法規實施的日常管理監督檢查；負責稅收協定執行、反避稅、外國居民稅收監管、信息交流和國際稅收管理合作；負責審核確認出口企業的退(免)稅申報，組織實施地方出口貨物征稅，回復外商來信，檢查指導地方出口貨物專用繳款書和分單的開具；承辦領導交辦的其他工作。
3.稅收征管科(更名為原法規科)負責組織實施綜合性稅收征管法律、法規和規章，處理稅收征管法律法規實施中的有關事項；負責涉稅法律事務，組織對稅收法律法規執行情況的日常管理監督檢查；負責稅務登記、納稅申報、稅收征管、稅務信息和普通發票的管理；牽頭組織對征管質量的全面評估；負責組織征管軟件的推廣應用；牽頭組織、實施、指導、協調和管理納稅評估工作；負責納稅服務的組織和管理；承辦重大稅收案件的審理、行政處罰和聽證；負責稅務行政訴訟和行政復議；承辦領導交辦的其他工作。
4、人事教育和科研及人事管理制度的執行情況；負責組織、編制、任免、考核、調配、交流、辭職辭退、工資福利、專業技術職務等人事管理工作；負責離退休幹部和提前離崗人員的管理和服務工作；負責思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育和培訓的管理；負責黨建、工會、* *共青團、婦聯工作；承辦領導交辦的其他工作。
5.監督辦公室
負責監督檢查黨和國家的路線、方針和稅收法規的執行情況；負責黨的紀律檢查、行政監察和廉政建設；負責執法監督和整改工作；負責信訪舉報，查處違法違紀案件；承辦領導交辦的其他工作。
6.規劃和統計科
設立計劃統計科，負責稅收計劃管理、稅務會計、統計等信息數據的統計和分析；負責稅收計劃的編制和分配，指導組織收入工作，進行稅收預測分析，負責稅收征管信息的集中處理和核算，組織檢查稅收征管、匯算清繳制度的執行情況；負責稅源數據的調查和計算，監控重點稅源；負責稅務憑證的管理；承辦領導交辦的其他工作。
(二)直屬事業單位
檢驗局
稽查局負責年度計劃中確定的重點稅源企業和稅收違法案件的調查、審理和執行；組織實施稅務檢查規章制度，制定具體實施辦法；負責稅務案件報告的受理和傳遞；負責與公安、檢察、審判機關協調稅務稽查司法工作；負責金稅工程發票的調查；負責領導組織稅收專項檢查；承辦領導交辦的其他工作。
(3)公共機構
信息中心，級別為正庫存級別。
負責組織稅務管理、綜合行政管理等信息系統建設；參與組織應用軟件開發和稅控儀器的推廣、應用及技術培訓；根據工作需要，對采集和管理的數據進行質量審核、處理和綜合分析；負責網絡和系統安全管理；承辦領導交辦的其他工作。
(4)認可機構
各市(縣、區)國家稅務局稅務分局是縣(市、區)國家稅務局的派出機構，按行政區劃設置，按數字順序命名，負責分局轄區內的國稅征收管理，機構級別為副處級。
各縣(市、區)國家稅務局派駐稅務分局的數量和管轄範圍、領導職數、內設機構(股)、人員編制，嚴格按照鹽城市局2004年機構編制和領導職數核定文件執行。
各縣(市、區)第壹稅務分局內設機構數量及順序不變，原核定股更名為受讓股；其他稅務分局內設機構數量及順序不變，原調查執行單位更名為稅源管理單位。