國務院水行政主管部門所屬的有關部門負責全國水資源的統壹管理和監督。
國務院部門負責國家確定的重要河流的流域管理機構(以下簡稱流域管理機構)，在管轄範圍內負責現行法律、行政法規和國務院水行政主管部門授予的水資源管理和監督。縣級以上地方各級人民政府
水行政主管部門負責本行政區域？根據其職權對水資源進行統壹管理和監督。
在本節中定義中國水資源管理制度的規定。
水資源管理體制的基本制度，水資源管理體制和國家組織部門的權威，水資源的合理開發、利用、節約和保護以及水害的防治，是實現水資源可持續利用的組織保證。改革和完善水資源管理體制，進壹步加強水資源的統壹管理，是這次水法修改的重要內容。
第二，全國水資源管理體制的流域管理和行政區域管理。水是人類賴以生存的基本資源，對經濟社會發展具有不可替代性，是生態環境的基本要素。水資源、土地、森林、礦產等資源，是壹種動態的、可再生的資源。河流的降水來源，水質，以河流為主線，流域概念的特殊區域的邊界。根據流域水文地質單元，地表水和地下水相互轉換的上下遊，主要支流的河流水資源，水量和水質是相互聯系、相互影響的。流域水資源的開發、利用和管理能夠妥善處理上下遊河流和其他地區的關系，部門間的關系也只能按照這個要求。資源其他功能的底子是它的多功能性。水可用於灌溉、航海、發電、供水、水產養殖、雙股。因此，在流域內對水資源的開發、利用和保護進行統壹規劃、平衡和綜合利用，做到興利除害，最大限度地發揮水利的經濟、社會和環境效益。目前，基於流域的水資源管理已經成為壹種世界趨勢。1992年，聯合國環境與發展會議通過了《21世紀議程》:應在流域壹級對水資源，包括地表水和地下水、水質和水量進行綜合管理，並根據需要加強或發展適當的系統。我國主要江河流域跨省協調流域管理與行政區域管理自然特征的關系更為重要。
1988年制定頒布，原《水法》規定“國家對水資源實行統壹管理與分級、分部門管理相結合，邁出了推進我國水資源統壹管理的重要壹步。但沒有明確權屬管理部門對水資源開發利用的關系和責任，而不是明確流域管理機構的職責和權限劃分，導致部門之間職能交叉和職能錯位。”多隆的洪澇問題依然存在，主要表現為:壹是流域管理的行政區劃，地表水和地下水的分區管理；第三，數量和質量分開管理。這種管理體制在實踐中存在的主要問題有:壹是不利於統壹規劃、河道防洪調度和統壹指揮。有些地方，汛期下遊，左右岸各自為政，只顧自保，不顧全局防汛工作大局。二是不利於水資源的統壹控制和解決缺水問題。例如，在枯水期，壹些地區爭搶大量引水，壹些上遊地區使下遊河流幹涸，對水的經濟社會發展和下遊生態環境造成巨大危害。不利於地表水和地下水的統壹調蓄，加劇了地下水的超采。據統計，我國地下水年均超采量約670億立方米，已超采1.64。第四，不利於解決城市和農村缺水問題。不利於合作協調解決水汙染問題。我們的跨區域水汙染問題越來越嚴重。地方治理，尤其是下遊地區的治理，並不能真正改善河流水質和水環境。只有上下遊統壹治理、統壹監管，才能取得治水成效。第六，根據自身特點、水資源和我國實際情況，制定了不利於水資源在經濟、社會和環境中發揮整體效益的新《水法》。壹些國家確立了分離原則、資源管理與開發利用管理相結合、流域管理與行政區域管理相結合、水資源統壹管理與分級管理相結合的實踐和經驗管理體制。
第四，國務院水行政主管部門負責全國水資源的統壹管理和監督。水資源統壹管理的核心是水所有權。人力資源管理新《水法》規定，水資源屬於國家所有，水的所有權由國務院代表，以實現全國水資源的統壹管理和監督，由國務院、國家水行政主管部門單獨制定戰略規劃，全國水資源的統壹規劃、統壹調配和統壹調度，統壹制度和實行取水許可制度和水資源有償使用。流域管理機構，是為實現國家和國務院確定的重要江河、湖泊的水資源和水行政主管部門的統壹管理和監督而設立的，在管轄範圍內行使法律、行政法規和國務院水行政主管部門的職權。20世紀30年代初，現代意義上的大江大河及流域管理機構相繼成立，如1935成立的長江水利委員會，以及成立水資源管理部門的黃河水利委員會。1933、1929年，新中國成立淮河引水委員會，中央人民政府加強對主要河流的規劃、治理和管理。長江、黃河、淮河流域管理機構設立後，幾經變動，這期間機構設置，目前我國是由水利部在長江、黃河、淮河、珠江、海河、遼河、太湖六條河流設立的流域管理機構，行使水利部和水利部賦予的水資源管理和監督職責。新《水法》中明確提出，進壹步的職責在於監督管理水資源的流域管理機構，包括:(1)水資源動態監測和水功能區水質監測。(2)除江河湖泊外的其他省、自治區、直轄市的江河湖泊的流域綜合規劃和區域綜合規劃的編制。(3)審查全國江河湖泊水工程建設情況，確定重要江河湖泊和省、自治區、直轄市。(4)其他國家劃定的主要江河、湖泊劃分為省、自治區、直轄市。(5)轄區內排汙口設置審查。(6)水工程保護範圍內的管轄權。(7)各省、自治區、直轄市要制定水量分配方案和幹旱時的水量調度方案，以及年度水量分配方案和調度方案。(8)轄區內的取水許可和水資源費征收。(9)水事糾紛處理和執法監督檢查。
或者縣級以上地方人民政府水行政主管部門負責本行政區域內水資源的統壹管理。我國幅員遼闊，各地區水資源和經濟社會發展水平差異較大，在實行區域管理作為流域管理和行政管理相結合的制度時，必須緊密結合各地的實際情況，充分發揮地方各級人民政府水行政主管部門或縣級以上法律法規的作用，並根據本行政區域的水資源管理？的積極性和主動性。新《水法》下的流域管理機構和對水資源負有具體監督管理職責的水行政主管部門，水土流失歸縣級以上地方人民政府或國家委員會或將要制定的部門，配套的行政法規或政府規章由水行政主管部門進壹步確定。借鑒國外經驗，流域管理的職能，按照《水法》的有關規定，壹般來說，依法流域管理機構在水資源管理上應強調宏觀和民主協調，集中在部分地方行政區域，水行政主管部門對難以單獨處理的問題進行監督管理，有關地方政府水行政主管部門負責本行政區域內水資源的具體實施。根據維護全國水資源綜合管理的統壹體制和水法的基本前提，也可以結合當地實際制定地方性水法規和相關政府規章。政府制定有利於當地水資源可持續利用及相關規劃，擬依法加強本行政區域內水資源的統壹管理。