第壹，認定的法律依據不同。
醫療損害司法鑒定的主要法律依據是:《民事訴訟法》、《司法鑒定管理決定》、《司法鑒定程序通則(試行)》、《司法鑒定機構登記管理辦法》、《司法鑒定人管理辦法》、《司法鑒定執業分類規定》。現行有效的醫療衛生管理法律、行政法規、部門規章、診療規範、常規和醫學文獻也是認定的依據。
醫療事故鑒定的法律依據是《醫療事故處理條例》、《醫療事故技術鑒定暫行辦法》、《醫療事故分類標準(試行)》、《醫療事故技術鑒定專家庫專業組目錄》、《醫療事故爭議屍檢機構和專業技術人員資格認定辦法》、《醫療機構病歷管理規定》、《病歷書寫基本規範(試行)》和《中醫、中西醫結合病歷書寫基本規範》。
第二，鑒定程序不同
醫療損害的司法鑒定應當由人民法院委托有資質的司法鑒定機構完成。醫學司法鑒定分為初次鑒定、補充鑒定、再次鑒定和復查鑒定。當事人對初次鑒定結論不服的，可以申請補充鑒定、重新鑒定或者復核鑒定。
醫療事故鑒定由人民法院和衛生行政部門委托當地醫學會完成。醫聯體分為設區的市級和省級醫聯體。初次鑒定由設區的市醫學會進行。初次鑒定不滿意的，由省醫學會再次鑒定。
司法鑒定提交的材料以病歷為主，包括住院病歷、門診病歷、用藥明細、診斷證明、登記表、收費憑證、醫生出具的與醫療行為相關的書面材料等。如果與醫療行為環境、人員資質有關，還應提供相關證據材料。關鍵是患者陳述和理由醫院有過錯。司法鑒定有的有聽證程序，有的沒有。無論有沒有聽證程序，病人的陳述和理由是確認醫院過錯最重要的。鑒定機構結合陳述的意見和理由，理解鑒定的目的，是司法鑒定的關鍵。
醫療事故鑒定有壹個聽證程序，就像開庭壹樣，當事人分別陳述自己的意見和理由。先陳述患者順序，再陳述醫療機構。專家鑒定組成員可以根據需要提問，當事人應當如實回答。必要時，病人可以接受現場醫療檢查。陳述中要抓住重點，觀點明確，既要說明醫療行為損害事實，又要有醫療過錯的法律法規文獻依據，讓人覺得有理有據。聽證程序也是鑒定的關鍵。
第三，鑒定結論不同。
醫療事故技術鑒定結論的主要內容是醫療行為是否違反醫療衛生管理法律、行政法規、部門規章、診療護理規範和慣例，醫療過失與人身損害後果之間是否存在因果關系，醫療事故損害後果中醫療事故的責任程度和等級，如果需要護理，對醫療事故患者提出醫療護理意見。醫療事故的責任程度分為完全責任、主要責任、次要責任和次要責任四個等級。醫療事故主要有四級，每壹級都有詳細的劃分。
司法鑒定結論的內容側重於醫療過錯與損害結果之間的因果關系、責任比例或參與損失的程度。事故等級需要單獨認定。
第四，社會評價不同
醫療事故的鑒定在事故發生地所在城市的醫學會完成。專家都是所在城市醫療行業的專業醫生，難免和患者所在醫院屬於同壹家醫院。同壹家醫院的醫生對這家醫院的醫療行為做出評價難免有失公允。因此，鑒定結論傾向於醫療機構。另外，醫聯體隸屬於衛生行政部門，醫療機構也隸屬於衛生行政部門。都在壹個學校，但還是沒有擺脫以前父親評價兒子的局面，社會認可度不高。
司法鑒定機構隸屬於司法行政部門，在隸屬關系上與醫療機構無關。有些司法鑒定是在患者就醫的醫療機構以外的鑒定機構進行的，大大減少了人為因素的幹擾，更加科學。所以，司法鑒定對於非常大的患者來說是壹樣的選擇。