醫療保險是指通過國家立法，按照強制性社會保險的原則，由用人單位和職工個人按時足額繳納基本醫療保險費。
壹、醫療保險結算程序:
(壹)特殊疾病住院和門診治療的結算程序
定點醫療機構應於每月10日前，將上月出院患者的費用清單、住院清單及相關資料上報醫療保險經辦機構，經審核後作為每月預撥和年終決算的依據。醫保經辦機構預撥上月特殊疾病住院和門診統籌費用。
參保人員經鑒定患有特殊疾病的，應當到勞動保障部門指定的定點醫療機構就醫、購藥，發生的醫療費用直接入賬，即時結算。
(2)緊急結算程序
參保人員因急診搶救到市內非定點醫療機構和異地醫療機構發生的醫療費用，由個人或單位先行墊付。急診搶救結束後，醫療保險經辦機構應當憑急診住院病歷、檢驗、化驗單、發票和醫療費用明細清單按規定辦理報銷手續。
(三)異地安置人員的安置手續
1.異地安置人員由其所在單位指定為1-2定點醫療機構，並報醫療保險經辦機構備案。
2.異地工作人員在居住地患病，在定點醫療機構門診發生的醫療費用，由本人或所在單位先行支付。治療結束後，所在單位對參保人員的診斷書和病歷、有效費用票據、復合處方、住院費用清單等進行結算。在規定日期到社會醫療保險經辦機構。
(4)轉診和結算。
1.參保人因定點醫療機構條件或專科疾病轉院到其他醫療機構診治的，應填寫轉診轉院審批表。轉診轉院理由由主治醫師提出，科主任提出轉診轉院意見，醫療機構醫保辦審核，分管院長簽字，報市醫保中心審批後方可轉院。
2.轉診轉院原則上先市內後市外，先省內後省外。本市轉診轉院規定在定點醫療機構之間進行。市外轉診由本市三級以上定點醫療機構提出。
3.參保人轉診轉院後發生的醫療費用，先由個人或單位現金支付。就醫結束後，參保人或其代理人持轉診轉院審批表、病歷證明、處方和有效單據到醫療保險經辦機構報銷屬於統籌基金支付範圍的住院費用。
二、醫療保險報銷流程和時間:
對於所有參與者，報銷流程如下:
(壹)參合農民持《新型農村合作醫療證》在定點機構門診治療，由定點醫療機構根據《新型農村合作醫療證》家庭門診賬戶現有金額直接減免醫療費用，超出部分由參合農民支付。定點醫療機構應及時與農業醫療機構結算。
參合農民在市、縣、鄉定點醫療機構住院治療，由定點醫療機構直接補助。對定點醫療機構發生的醫療費用進行審核，按實施辦法規定的標準預付補助金額。
(二)參合農民在省級定點醫療機構和非定點醫療機構住院治療，全部向鄉鎮農業醫療機構補償。住院醫療費用，壹次性不足2000元(含2000元)的，由鄉(鎮)農醫所報銷，住院資料經鄉(鎮)農醫所審核批準後方可報銷。
(壹)申請補償時，需攜帶本人身份證、戶口本、新農合證(這三證原件復印留存在下方)、醫療機構有效住院發票、出院小結(或病歷)、費用清單、轉診證明。
(二)患門診大病(慢性病)的參合農民，持本人身份證、戶口本、新農合、門診發票及清單、門診病歷、檢查報告、二級甲等以上醫院或專科醫院的門診大病(慢性病)證明到鄉(鎮)農醫辦辦理。
(三)對已參加商業保險的參合農民和已參加學生醫療保險的學生，出院後既要求商業保險補償又要求新農合補償時，參合農民應先將住院發票原件及發票復印件交由農科所或縣級定點醫療機構進行補償，再將住院發票原件交由商業保險公司支付。發票復印件由縣級農醫所或定點醫療機構保管，但外傷病人只能憑原件報銷(學生除外)。
(4)住院費用限時報結，出院後三個月內可隨時辦理補償結算手續。超過三個月的視為自行放棄賠償(農民工可能會拖到年底)。農醫所按《實施辦法》規定的標準應支付的補償金額，在10個工作日內支付給參合農民。