1.出口退稅政策。目前非保稅區的國內貨物進入保稅區不退稅，貨物出境才能獲得出口退稅。在出口加工區和其他保稅倉庫已實施入區(倉)後退稅的情況下，進入保稅區的貨物不能實施出口退稅政策，使保稅區失去了作為出口貨物保稅倉庫的吸引力。政策調整的方向是，國內貨物進入保稅區視同出口，應享有退稅權的貨物可以憑出口報關單、外匯核銷單、增值稅發票等單證申請出口退稅，無需等到貨物出境。
第二，交易權。1，進出口經營活動權。由於商務部將保稅區內的企業視為境外企業，保稅區內的企業壹般沒有外貿經營權。保稅區內的企業，特別是外資貿易公司，必須通過有進出口經營權的外貿公司開展進出口業務，增加了區內企業的經營成本，使商業交易復雜化。賦予保稅區企業進出口經營權，放開區內加工企業進出口經營權，允許外資貿易公司在從事轉口貿易的同時，有條件地開展國內進出口貿易。現在可以看到政策調整的趨勢。自2003年起，商務部開始向上海、深圳等四個保稅區的企業開放進出口經營權。2.服務貿易。雖然國務院1995已經明確上海外高橋保稅區可以作為試點，但是相應的審批權限在國務院各部委，沒有明確的下放審批權限、配套政策和管理規定，缺乏可操作性。相比之下，中國入世後，保稅區外服務貿易開放的步伐正在加快。國家要放開保稅區服務貿易審批權限，建設商品展示中心，吸引國際跨國公司、綜合貿易公司入駐保稅區，促進區內國際租賃、國際航運、國際法律服務、國際商品展示等服務貿易發展。三。金融和外匯管理政策。自2002年6月5日至10月實施的《保稅區外匯管理辦法》為保稅區企業開展正常的經營活動創造了條件。但是壹些外匯支付的規定還是比較嚴格的。這雖然有助於減少逃匯現象，但卻給區內企業增添了諸多不便，有的甚至限制了其正常的經營活動，主要表現為:購匯條件限制嚴格，基本不對外付匯，企業以人民幣註冊。付款程序很嚴格。例如，區內企業從國外進口貨物，然後銷售給區外企業。區外企業對外付匯時，必須持有《區外企業進口報關單》。但實際上，很多區外企業會將貨物先存放在保稅區，以享受延期納稅的好處，而不辦理進口申報手續。此時區內企業無法向境外支付。政策調整的方向應該是:經常項目下支付完全放開，區域內經常項目下貨幣可自由兌換。在外匯監管方式上，外匯局應重點監管商業銀行，商業銀行在為企業辦理結售匯業務的同時，應監管企業的外匯經營活動。促進生產與流通、進出口貿易和轉口貿易的結合。四、物流行業準入政策。物流業是壹個新興的綜合性行業，涉及貨運代理、集裝箱運輸、鐵路貨運、公路貨運、航空運輸、倉儲等行業。目前這些行業由不同的政府部門主管，每個部門都有不同的行業準入標準，尤其是對外資的準入標準。所以如果要開展綜合物流服務，企業必須向不同的主管部門申請經營許可，手續相當復雜。缺乏大型物流企業將限制我國保稅區向自由貿易港的功能轉型發展。因此，政策調整的方向可以包括:對於在保稅區或自由貿易港設立物流企業，在審批上實行鼓勵政策，簡化審批程序。並允許外資提早進入保稅區或自由貿易港區的物流服務業。五、通關、檢驗程序和運輸監管政策。我國的保稅區雖然都建在港口附近，但大多與港區分開，在管理上分屬不同的部門。進出港口和保稅區的貨物都要經過第二次通關。LCL交通運輸的管理在很大程度上制約了區內企業開展物流運輸服務。因為根據客戶要求和成本核算，物流企業會將存放在不同保稅區(或同壹保稅區不同倉庫)的貨物、不同時間到達保稅區的貨物、不同供應商的貨物、進口倉庫和出口倉庫的貨物由LCL運輸。雖然現行海關法規沒有明確禁止上述業務操作，但由於海關監管時要求各種單證必須核對壹致，難以開展LCL運輸，阻礙了貨物的便捷順暢流動。政策調整的方向應該包括:將保稅區與港區連接起來，實行港區統壹監管，避免二次通關的重復程序。因區內企業簡單加工運輸作業導致貨物的形狀、數量、稅號等性質發生變化時，海關可以在監管中有針對性地查看備案記錄，不要求壹致，只要基本對應即可。在倉儲展示方面，允許除禁止或限制流通的貨物以外的所有貨物進入保稅區倉儲展示，減免關稅和費用，以區別於口岸和非保稅區。將保稅區明確為“境內通關”，逐步過渡到“壹線放開、二線管理、區內不幹預”的監管模式，向自由貿易區過渡。保稅區的發展模式要求其在通關、物流、外匯金融等方面采取更加靈活開放的措施。現在，通關不暢，優勢減弱，成為保稅區面臨的同樣問題。只有轉型為自由貿易區或者單純的經濟開發區，才能保證這個經濟特區的持續發展。