在綜合治理的前提下，異龍湖的開發利用應當堅持生態效益、經濟效益和社會效益相統壹的原則，統籌規劃，統壹管理。第五條異龍湖正常水位1414.2m(黃海高程，下同)，對應水量1.13億立方米；最低運行水位1412.08米，對應水量5000萬立方米。
異龍湖水質保護按現行國家地表水環境質量標準ⅲ類標準執行。第二章管理機構及其職責第六條異龍湖管理局是石屏縣人民政府管理異龍湖的職能機構，隸屬於水口行政主管部門，其管理經費納入縣財政預算。
異龍湖管理局的主要職責是:
(壹)宣傳和執行有關法律、法規和本條例；
(二)會同有關部門做好異龍湖的保護、管理和開發利用工作；
(三)監督管理護林造林、水土保持、水域灘塗利用、徑流區水質變化等活動；
(四)負責異龍湖水量調度；
(五)管理異龍湖水域和蓮花池灣、果溪灣、白浪灣、青魚灣、茅木嘴至紅坡頭灣等堤防及新街海口閘、鬥山嘴閘和青魚灣閘；
(六)核發水域相關證照，收取水域相關費用，行使水域(含水工程)相關行政處罰權。第七條異龍湖派出所負責維護異龍湖水域、灘塗、堤防、水利設施、重點防護林和沿湖旅遊景點的治安管理。第八條州人民政府有關部門，負責指導和協調異龍湖管理局及相關部門做好異龍湖的保護、管理、開發和利用工作；
異龍湖地區的各單位和城鎮應當配合異龍湖管理局和有關職能部門開展護林造林，防止水土流失，防止水汙染，保護水資源。第三章保護和治理第九條加強異龍湖生態環境和自然環境保護，維護異龍湖生態平衡。加強對異龍湖水資源、水產資源、森林資源、野生動物及周邊景區、古建築和自然景觀的保護。第十條異龍湖水量調度按本條例第五條第壹款規定的水位進行。在嚴重幹旱期，需要使用最低運行水位以下的湖水時，必須由縣級人民政府報州人民政府批準，並報省人民政府水行政主管部門備案。第十壹條凡在異龍湖水域建設水務設施，其建設方案必須經異龍湖管理局批準後，方可辦理相關審批手續。第十二條禁止向異龍湖及入湖河流傾倒或排放工業廢渣、殘油、廢油、船舶垃圾、畜禽屍體、生活垃圾及其他廢棄物。禁止在海灘堆放固體廢棄物和其他汙染物。
禁止向水域排放、傾倒、掩埋含有汞、鎘、砷、鉻、鉛、氰化物、廢酸液、廢堿液、黃磷等有毒有害的廢液、廢渣。
禁止以任何方式向異龍湖水域排放未經處理且合格的工業廢水。第十三條在異龍湖徑流區內，不得新建、改建、擴建工礦企業和其他汙染水體或者破壞生態環境的項目。原有的工礦企業和其他項目應當執行國家和省規定的汙染物排放標準，不達標的必須限期治理。
各排汙單位必須按照有關法律法規的規定，嚴格執行排汙許可證制度，按規定繳納排汙費和超標排汙費。
在異龍湖水域設置排汙口的，必須報環境保護部門批準。第十四條禁止圍湖造田。禁止圍湖造魚塘、圍欄養魚、網箱養魚。第十五條在產卵季節，該湖禁漁。封湖日期和面積由異龍湖管理局確定，報縣人民政府批準。
禁止炸魚、毒魚、電力炸魚和油動力機動船炸魚。禁止使用不利於魚類生長的漁具和網具。第十六條禁止在異龍湖徑流區毀林開荒。警惕森林火災。
在異龍湖徑流區取土、挖砂、采石、采礦的，必須采取措施恢復表土和植被，防止水土流失。
劃定異龍湖徑流區防護林核心區，實施封山育林，營造水源涵養林；沿湖岸線建立風景林帶，打造風景林。第十七條加強異龍湖水域生物資源保護。禁止捕殺和交易野生珍稀動物。