市、州人民政府、地區行政公署和縣級人民政府衛生行政部門負責本行政區域內的保健品衛生監督管理工作。
縣級以上人民政府其他有關部門按照各自職責負責保健品管理工作。第五條鼓勵和支持保健品生產企業研究開發產品，推動企業創新，提高產品質量，積極推進保健品質量管理標準認證。第六條保健品實行衛生許可制度。第七條申請保健產品衛生許可證的保健產品生產企業，應當具備下列條件，並向所在地市、州人民政府和地區行政公署衛生行政部門申請生產現場檢查:
(壹)生產廠房建在潔凈區，與有毒有害場所的距離符合衛生要求；
(二)生產車間的天花板、墻壁和地面采用光潔的建築材料，有良好的采光或照明，有防止和消除嚙齒動物和其他有害昆蟲孳生條件的設施和措施；
(3)生產車間待加工的保健品、原料和成品不得交叉汙染，避免成品與雜質、毒物接觸；
(四)有與產品品種和數量相適應的保健品原料加工、處理、包裝和儲存場所；
(五)與產品生產相適應的生產設備或設施；
(六)具有合理的設備布局和工藝流程；
(七)有健全的衛生管理制度。
市、州人民政府衛生行政部門和地區行政公署接到申請後，應當在15日內到保健品生產企業生產現場進行審查，對符合要求的出具合格意見；對不符合條件的，出具不合格意見，並書面說明理由。第八條申請人通過市、州人民政府衛生行政部門和地區行政公署對保健品生產企業生產現場的現場審查後，可以向省級人民政府衛生行政部門申請保健品衛生許可證，並提供下列資料:
(壹)申請表；
(二)市、州人民政府和地區行政公署衛生行政部門出具的對生產現場檢查的意見；
(三)產品開發報告、命名依據、配方依據及相關資料；
(四)生產企業和生產場所(車間)的平面布置圖；
(五)產品生產工藝流程圖；
(六)現行有效的產品質量標準；
(七)保健品評價專家組出具的功能性和安全性報告；
(八)具有檢驗資質的機構出具的產品樣品和近期產品型式檢驗報告；
(九)樣品產品包裝、標簽和說明書。
前款第(七)項規定的保健品功能性和安全性報告應當附有保健品專家組的評價意見。
保健品審評專家組成員由醫學、毒理學、藥理學、營養學、檢驗、醫療器械、生產工藝、管理、標準使用等相關專業的專家組成。保健品評價專家組的管理辦法由省人民政府另行制定。第九條省人民政府衛生行政部門收到保健品衛生許可申請後，應當在5日內對申請材料的完整性進行審查，並出具受理或者不予受理通知書。
省人民政府衛生行政部門應當在受理申請後20日內作出決定。對符合許可條件的，頒發保健用品衛生許可證；不符合許可條件的，作出不予許可的決定並書面說明理由。第十條依法取得資質的相關檢驗機構從事保健品檢驗工作，應當按照《保健品檢驗與評價技術規範》檢驗保健品是否符合產品標準和安全性。
申請人可以自願選擇有資質的檢驗機構對保健品進行檢驗。第十壹條保健品檢驗機構和檢驗員實行責任制。保健品檢驗報告應當加蓋檢驗機構公章，並由檢驗人員簽名或者蓋章。檢驗機構和檢驗人員應當對出具的保健品檢驗報告負責，保證出具的檢驗數據和結論客觀公正，不得出具虛假檢驗報告。第十二條保健品審批機關、審評專家組、檢驗機構不得泄露申報企業的商業秘密。第十三條保健品衛生許可證有效期為4年。保健用品生產企業應當在保健用品衛生許可證有效期屆滿30日前，向省級人民政府衛生行政部門申請延續保健用品衛生許可證。
省級人民政府衛生行政部門應當根據保健品生產企業的申請，在保健品衛生許可證有效期屆滿前作出是否準予延續的決定；逾期未作出決定的，視為準予。保健品生產企業在有效期屆滿前未申請延期的，原保健品衛生許可證在有效期屆滿時失效。