星雲湖水質按《地表水環境質量標準》(GB3838-2002，下同)ⅲ類保護，通過科學管理改善和提高現有水質。實施星雲湖生態供水工程，其水質應當達到國家ⅲ類水標準。第五條星雲湖的保護範圍根據功能和保護要求分為壹級保護區和二級保護區。
壹級保護區為星雲湖水域和星雲湖最高運行水位沿地表向外水平延伸100米以內的範圍；二級保護區是壹級保護區以外的徑流區範圍。
壹、二級保護區的具體範圍由玉溪市人民政府劃定並公布。壹級保護區應當設置界樁。第六條星雲湖實行河(湖)長制保護。河(湖)長的設立、職責和工作機制按照國家和省的有關規定執行。第七條省人民政府、玉溪市人民政府、江川區人民政府應當將星雲湖保護納入國民經濟和社會發展規劃，將保護經費納入本級財政預算，加大財政轉移支付力度，建立長期穩定的保護投入、生態保護補償和生態補水機制。
收取的水資源費和漁業資源增殖保護費應當按照有關規定用於星雲湖保護。第八條任何單位和個人都有保護星雲湖的義務，並有權制止和舉報汙染湖泊、破壞生態環境等違法行為。
省人民政府、玉溪市人民政府和江川區人民政府應當建立星雲湖保護激勵機制，鼓勵基層組織、社會團體、企事業單位等社會力量參與星雲湖保護，發揮新聞媒體和社會的監督作用。第二章管理機構和職責第九條省人民政府應當統籌領導星雲湖保護工作，協調處理星雲湖保護的重大問題，並加強監督檢查。第十條玉溪市人民政府應當對星雲湖實施統壹保護和管理，並履行下列職責:
(壹)建立星雲湖保護和管理的長效機制，實行河(湖)長制，組織領導水資源保護、水汙染防治、水環境治理等工作；
(二)批準星雲湖保護、開發和利用的總體規劃；
(三)指導、督促相關行政管理部門和江川區人民政府履行星雲湖保護和治理職責；
(四)負責星雲湖水資源的管理；
(五)省人民政府規定的其他職責。第十壹條玉溪市人民政府湖泊管理機構應當履行下列職責:
(壹)宣傳、貫徹有關法律、法規和本條例，負責指導江川區人民政府湖泊管理機構的業務工作；
(二)負責星雲湖壹級自然保護區的保護和管理，制定保護和管理措施，報玉溪市人民政府批準後實施；
(三)按照依法批準的範圍和權限，行使壹級保護區內的生態環境保護、水政、漁政等部分行政處罰權；
(四)審查星雲湖保護、開發和利用的總體規劃，並監督規劃的實施；
(五)配合江川區人民政府做好星雲湖的保護工作；
(六)玉溪市人民政府規定的其他職責。第十二條江川區人民政府負責星雲湖的保護和管理，履行下列職責:
(壹)促進星雲湖保護範圍內生態保護與經濟社會的協調發展；
(二)編制星雲湖保護、開發和利用總體規劃，經玉溪市人民政府批準後組織實施；
(三)督促星雲湖保護範圍內的有關行政主管部門、鄉(鎮)人民政府和街道辦事處履行星雲湖保護管理職責；
(四)協助玉溪市人民政府湖泊管理機構在星雲湖壹級保護區開展行政執法工作；
(五)玉溪市人民政府規定的其他職責。第十三條江川區人民政府湖泊管理機構應當履行下列職責:
(壹)宣傳和執行有關法律、法規和本條例；
(二)負責星雲湖二級保護區的日常監督管理；
(三)協助玉溪市人民政府湖泊管理機構在星雲湖壹級保護區開展行政執法工作；
(四)監督星雲湖保護和治理工程的實施；
(五)玉溪市人民政府湖泊管理機構和江川區人民政府交辦的其他事項。