雲龍水庫保護區的具體範圍由省人民政府環境保護行政主管部門會同省人民政府水利、國土資源、衛生、住房和城鄉建設等行政主管部門提出，並征求有關部門、昆明市人民政府、魏初人民政府(以下簡稱楚雄州人民政府)的意見，經省人民政府批準後公布實施。第五條雲龍水庫輸水設施依照本條例的規定進行管理和保護，具體保護範圍由昆明市人民政府劃定並公布。第六條雲龍水庫正常水位2089.67米(黃海高程，下同)，最低運行水位2054.17米。
壹級保護區的水質按照《國家地表水環境質量標準》ⅱ類水標準和《國家生活飲用水衛生標準》飲用水水源水質要求進行保護。
二級保護區和準保護區內入庫河流水質按照不低於國家地表水環境質量標準的ⅲ類水標準進行保護。第七條省人民政府統壹領導雲龍水庫保護工作，建立雲龍水庫定期會商和協調機制，協調、督辦重大問題，並加強監督檢查。
省人民政府水行政主管部門負責雲龍水庫水資源保護的監督管理；省人民政府環境保護行政主管部門負責雲龍水庫水汙染防治的統壹監督管理。
昆明市人民政府和楚雄州人民政府應當將雲龍水庫保護納入國民經濟和社會發展規劃，制定保護措施，負責本行政區域內的雲龍水庫保護工作。
祿勸彜族苗族自治縣(以下簡稱祿勸縣)、武定縣、富民縣、五華區、盤龍區人民政府負責本行政區域內雲龍水庫及其輸水設施的保護和管理，督促所屬部門和鄉鎮做好保護工作。
縣級以上人民政府有關行政主管部門應當按照各自職責，做好雲龍水庫的保護工作。
雲龍水庫及輸水設施產權單位應當依照本條例做好雲龍水庫的保護工作。第八條省人民政府應當按照誰受益誰補償的原則，組織昆明市人民政府和楚雄州人民政府建立補償機制，確定補償範圍，統壹補償標準，兌現補償資金。補償經費由省人民政府和昆明市人民政府予以保障，納入本級財政預算。
省人民政府要加大對祿勸縣和武定縣的財政轉移支付力度，確保雲龍水庫保護所需資金。第九條任何單位和個人都有保護雲龍水庫的義務，並有權對汙染飲用水源和破壞雲龍水庫相關設施的行為進行勸阻和舉報。第二章管理機構和職責第十條省人民政府水行政主管部門履行下列主要職責:
(壹)審查雲龍水庫保護總體規劃；
(二)制定雲龍水庫保護區綜合管理目標責任書，並對完成情況進行檢查、督促和考核；
(三)指導和監督下級工作機構和有關縣(區)人民政府及其有關部門做好雲龍水庫水資源保護工作；
(四)協調解決雲龍水庫水資源保護的有關問題。第十壹條昆明市人民政府和楚雄州人民政府負責本行政區域內雲龍水庫保護管理的具體工作，履行下列主要職責:
(壹)組織編制雲龍水庫保護專項規劃；
(二)制定並組織實施雲龍水庫保護措施和規劃；
(三)協調有關部門和單位做好水源和輸水設施的保護工作；
(四)組織制定和實施重點水汙染物總量控制計劃；
(五)負責水源保護區汙水和垃圾處理設施的建設和管理；
(六)同級人民政府規定的其他職責。第十二條祿勸縣、武定縣人民政府承擔雲龍水庫保護管理職責的機構，應當依照本條例做好雲龍水庫的保護管理工作，並在保護區內行使水利、環保、規劃、建設、城管、農林、綠化、衛生、旅遊、交通等相關職能部門的行政處罰權。相對集中行使行政處罰權工作方案由縣人民政府擬定，報昆明市人民政府和楚雄州人民政府批準後實施。