1.蘇州市張家港地方稅務局稽查局
指導、協調和管理轄區內的地方稅務稽查工作；組織實施稅務檢查法律、法規、規章和規範性文件，制定具體實施辦法；監督檢查全市地稅系統征管對象執行地方稅收法律、政策和制度的情況；查處稅收違法行為；牽頭組織全市地方稅收專項檢查和分類檢查工作；組織全市或全區地方稅收專項整治；受理稅收違法行為舉報，承辦案件的移送和查處；負責查處其他地市地稅部門移送的涉稅違法案件；協調公安、檢察、審判機關辦理稅務稽查。
內設機構:綜合業務股、選案審理股(舉報中心)、審計執行股等四個單位。
綜合管理股:負責本單位的人事管理、教育創造、紀檢監察、黨務、行政管理、後勤保障等工作；承擔檢驗工作各項制度、規定和辦法的制定和管理。負責收集、匯總、編制和上報各類審計報告和會計報表；組織審計業務的學習、培訓和業務考核，負責與外部相關職能部門的聯系、協調與合作。
案件選擇審理單位(舉報中心):負責稅收違法案件的交流和公告；對違法案件的具體違法事實進行歸類分析，提出改進收集檢查的建議；舉報案件的受理、登記、移送、回復和舉報獎勵的管理；根據年度工作重點和上級指示精神，確定年度檢查重點，編制檢查計劃，制定階段性檢查計劃。接收稅務風險評估分局下達的檢查任務清單，根據需要制定檢查計劃並分配檢查任務；監控和跟蹤整個檢驗過程。承辦檢驗案件的審理；與市局各辦公室聯系，要求並傳達稅收政策；監督管理審計檔案的質量；超限額欠稅案件的初審及提交市局重大涉稅案件審理委員會審理的工作；移送需要移送司法機關的案件。
審計執行股:負責重大稅務案件、壹般審計案件和上級交辦的相關審計案件的調查取證；承擔典型案例分析，提出改進收集檢查的建議；提出稅收保全措施和執行措施並組織實施；對已結案件的重新審查；承辦稅務處理、處罰決定等稅務檢查文書的送達；稅收回收和倉儲管理；按要求公示檢查案例。
2.蘇州市張家港地方稅務局征收分局(納稅服務局，與第壹稅務分局合署辦公)
3.蘇州市張家港地方稅務局稅務風險評估分局(與數據管理科合署辦公)
(2)機構
1.蘇州市張家港地方稅務局第壹稅務分局(與征收分局合署辦公)
組織、協調、指導本系統各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務體系建設；制定並組織實施納稅人納稅服務標準和操作流程；管理12366、地稅網站等納稅服務平臺；組織實施面向納稅人的稅法宣傳、輔導、納稅服務、維權和稅收法律救濟(不含行政復議和行政訴訟)；組織實施納稅信用體系建設；受理納稅人對納稅服務的投訴，指導稅務爭議調解；負責註冊稅務師的管理；承擔轄區內地方稅和基金費的征收，實現收入完成情況的跟蹤管理和預測分析；承擔發票和稅票的實物管理；負責稅務登記、項目登記、納稅申報、涉稅審批、發票購售、現場開票等涉稅事項的受理和辦理；承辦納稅人違反相關稅收管理行為的壹般違章；其他相關工作。
內設機構:綜合業務股、宣傳咨詢股、納稅服務股等三個單位。
綜合業務單元:負責制定內部行政規章制度和工作監督；負責處理日常政務，起草和審核相關文件和報告；負責地方稅務網站建設和網站信息上報；負責固定資產管理、安全保衛、環境衛生和綠化；負責來信來訪和保密工作；負責財務管理；負責黨建、創建、教育培訓工作；負責人事管理，組織分局內部績效考核和先進推薦評選；負責紀檢監察工作的開展；負責全市(轄市)納稅服務體系的規劃和建設，調研和監督納稅服務工作；負責註冊稅務師的管理；負責起草並組織實施納稅服務工作規範和操作規程；負責制定內部業務工作規範；負責納稅信用體系建設和信用評級；負責各類涉稅業務的內部培訓、業務指導和內部業務監督；負責與相關部門的工作聯系和協調；負責向稅源管理分局及時傳遞各類涉稅信息；上級交辦的其他事項。
宣傳咨詢股:負責組織實施對納稅人的日常稅法宣傳和納稅輔導；負責編寫和發放各種稅法宣傳資料；負責協助蘇州市局12366納稅服務平臺建設；負責本市12366納稅服務熱線和網上咨詢的管理；負責全市12366短信平臺的日常管理，組織實施向納稅人批量發送申報繳費提醒信息；負責維權服務中心的建設；負責保護納稅人權益，組織實施除稅務行政復議和應訴以外的法律援助和救濟服務；負責監督指導各單位“納稅人之家”的活動；負責納稅服務投訴的受理和處置(包括轉辦和督辦)；負責組織納稅人(社會)滿意度的調查和分析；負責上級交辦的其他工作。
辦稅服務單元:負責納稅人在辦稅服務廳申請的各類涉稅業務的受理、審核、審批、傳遞及後續管理信息；負責處理稅務登記、納稅申報、發票購售等方面的壹般違規行為。；負責網上辦稅服務廳所有涉稅業務的受理和辦理；負責各種稅費和基金費數據的批量發送和抵扣以及單戶抵扣；負責征收區域內稅務憑證和發票的庫存管理；負責統壹報表的編制；負責窗口受理材料的復印和歸檔；負責計算機硬件和網絡設備的維護和安全管理；負責辦稅服務廳的日常管理；上級交辦的其他事項。
2.蘇州市張家港地方稅務局第二稅務分局(蘇州市張家港地方稅務局重點稅源管理稅務分局)
承擔張家港市行政區域內房地產開發企業、金融保險業、建築安裝業、交通運輸業、十大集團企業、年納稅500萬元以上企業、市級企業、總局和省局指定企業、連鎖企業、跨區域經營企業的地方稅費管理和風險評估；承辦相關涉稅事務的管理；承擔稅收協調和稅收保護的相關工作。
內設機構:綜合管理股、稅源管理1股、稅源管理2股、稅源管理3股、風險評估股等5個單位。
綜合管理股:負責本單位的人事管理、教育創造、紀檢監察、黨務、行政管理、後勤保障等工作；承諾實施稅源管理制度；組織實施稅政、法規、征管、數據等職能部門交辦的各項業務任務；指導和協調稅源管理的日常管理、納稅評估和風險應對的日常檢查。
稅源管理單元:承擔重點稅源的專業化、精細化管理；做好納稅人日常稅源管理工作；負責重點稅源的日常監控和分析，完成低風險事項的評估和處理；對重點稅源戶實施宏觀和微觀分析，做好稅源預測分析。
風險評估單元:負責部門推送的中等風險事項的評估和處理，實施納稅評估或日常檢查，集中實施註銷檢查；總結風險應對和註銷檢查的結果和問題，並及時反饋。
3.蘇州市張家港地方稅務局第三稅務分局
承擔鳳凰鎮行政區域內的地稅、基金費管理和風險評估(第二稅務分局管轄的納稅人除外)；負責個人稅收的征收；承辦相關涉稅事務的管理；承擔稅收協調和稅收保護的相關工作。
內部機構:綜合管理股、稅源管理壹股、稅源管理二股、風險評估股。
綜合管理股:負責本單位的人事管理、教育創造、紀檢監察、黨務、行政管理、後勤保障等工作；承諾實施稅源管理制度；組織實施稅政、法規、征管、數據等職能部門交辦的各項業務任務；指導和協調稅源管理的日常管理、納稅評估和風險應對的日常檢查。
稅源管理股:承擔壹般稅源的專業化管理；做好納稅人日常稅源管理工作；負責壹般稅源的日常監控和分析，完成低風險事項的評估和處理；實施壹般稅源戶宏觀和微觀分析，做好稅源預測分析。
風險評估單元:負責部門推送的中等風險事項的評估和處理，實施納稅評估或日常檢查，集中實施註銷檢查；總結風險應對和註銷檢查的結果和問題，並及時反饋。
4.蘇州市張家港地方稅務局第四稅務分局
承擔於樂鎮、南豐鎮、現代農業示範園區行政區域內的地稅、基金費管理和風險評估工作(第二稅務局管轄的納稅人除外)；負責個人稅收的征收；承辦相關涉稅事務的管理；承擔稅收協調和稅收保護的相關工作。
內設機構和職能與第三稅務局相同。
5.蘇州市張家港地方稅務局第五稅務分局
承擔金鳳鎮、大新鎮和江蘇楊紫茳國際冶金工業園區行政區域內的地稅、基金費管理和風險評估(第二稅務局管轄的納稅人除外)；負責個人稅收的征收；承辦相關涉稅事務的管理；承擔稅收協調和稅收保護的相關工作。
內設機構和職能與第三稅務局相同。
6.蘇州市張家港地方稅務局第六稅務分局
承擔塘橋鎮行政區域內的地稅、基金費管理和風險評估(第二稅務分局管轄的納稅人除外)；負責個人稅收的征收；承辦相關涉稅事務的管理；承擔稅收協調和稅收保護的相關工作。
內設機構和職能與第三稅務局相同。
7.蘇州市張家港地方稅務局第七稅務分局
承擔金港鎮行政區域內的地稅、基金費管理和風險評估(第二稅務分局管轄的納稅人除外)；負責個人稅收的征收；承辦相關涉稅事務的管理；承擔稅收協調和稅收保護的相關工作。
內設機構和職能與第三稅務局相同。
8.蘇州市張家港地方稅務局開發區稅務分局
承擔經濟開發區和楊舍鎮行政區域內的地稅、基金費管理和風險評估(第二稅務分局管轄的納稅人除外)；負責個人稅收的征收；承辦相關涉稅事務的管理；承擔稅收協調和稅收保護的相關工作。
內設機構:綜合管理股、稅源管理1股、稅源管理2股、稅源管理3股、風險評估股等5個單位。內設機構的職能與第三稅務局相同。
(3)公共機構
根據工作需要，蘇州張家港地方稅務局設置了三個機構:
1.蘇州市張家港地方稅務局耕地占用稅和契稅管理處
承擔張家港市行政區域內契稅、耕地占用稅、二手房交易的稅收管理。
2.蘇州張家港市地方稅務局信息中心
承擔系統內計算機的開發和應用，負責計算機化管理、內部網絡運行和維護，組織系統內計算機業務培訓。
3.蘇州張家港市地方稅務局培訓中心
承擔本系統幹部職工的教育培訓工作。